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TechBlog
ユーザーフレンドリーなNGS解析ソフトウェア「Basepair」による胚選択と体外受精成功率の向上
IVF（In vitro fertilization、体外受精）を専門とする先駆的な医療機器メーカーのひとつが、岐路に立たされていました。同社はすでに数十億ドル規模の機器、アッセイ、培養液のポートフォリオを有していたが、 […] -
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数百サンプルの大規模プロジェクトに最適な完全自動アップロードオプション
Basepairには、多くのユーザーにとって理想的な使いやすいアップロードページがあります。ローカルコンピューターからアップロードしたいサンプルを選択し、サンプルのメタデータを指定し、アップロードを開始します。インターネ […] -
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Basepairのアップロードページで複数のサンプルをシームレスに追加
FASTQファイルは単なるファイルでも、単なるデータでもありません。FASTQファイルは、実験、ライブラリー調製、シーケンスなどに費やした数え切れないほどの時間の集大成です。データを収集するのに費やした時間は、おそらくあ […] -
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.bed、.bam、その他のファイルフォーマット
人々をバイオインフォマティクスから遠ざける要因の中で、様々な入力と出力のファイルタイプがたくさんあることが、大きな要因の一つあることは間違いません。 ngsplotを使ってヒートマップを作成するには、bamファイルが必要 […] -
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Basepairのディファレンシャル・オルタナティヴ・スプライシング パイプラインのご紹介
このブログでは、RNA-seqにおけるオルタナティヴ・スプライシング（alternative splicing、AS）の変化を調べるためのパイプラインを紹介します。簡単な覚え書きとして、遺伝子は、どのエクソンと転写開始部 […] -
Bioinformatics
大幅にアップグレードしたシングルセルRNA-seqパイプラインのご紹介
主な特徴 この度、BasepairのシングルセルRNA-seq（scRNA-seq）パイプラインが大幅にアップデートされました。新しく機能を追加するとともに、効率性、使いやすさの面で多くの改善を行いました。 1.&nbs […] -
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Basepairを使う前と後
Basepairのバイオインフォマティシャンと開発者チームは、Basepairを始めるまで15年以上NGSデータ解析に携わってきました。昔ながらの手作業によるNGSデータ解析の時代には、楽しいこともありましたが…フラ […] -
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再現性と監査のためのNGSデータの準備
監査はおそらくNGSデータ解析の最も恐ろしい側面であり、妖怪のようなものとも言えるかもしれません。それらは様々な形であなたを悩ませます。 数年前に取った結果を論文にする必要があるかもしれません。当時使用したオープンソース […] -
Bioinformatics
RNA-Seqデータのトリミング
アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます（シーケンシングの技術的背景 […] -
TechBlog
非ヒト種のパスウェイエンリッチメントの実施
背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […]
