ATAC-Seqとは？
ATAC-Seq は、トランスポザーゼにアクセス可能なクロマチン配列決定のためのアッセイです。 これは、クロマチンのアクセス可能性をゲノム全体で識別するために使用されます。 このアッセイでは、クロマチンのアクセス可能な領域でアダプターを切断および連結する過剰活性Tn5トランスポザーゼを使用します。 次に、シーケンシングリードを使用して、アクセス可能なクロマチンの領域を決定し、転写因子の結合領域とヌクレオソームの位置をマップします。 数百万の細胞を必要とする他のアッセイとは異なり、ATAC-Seqは50,000の細胞で適切に機能するシンプルなプロトコールを備えています。
ATAC-Seq についてさらに詳しく知りたい場合は、 こちらもご覧ください。
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データ固有のレポート
当社の30以上のパイプラインはそれぞれ、指定されたデータ タイプに合わせてゼロから構築されたレポートを生成します。
今すぐ分析を開始
ATAC-Seq パイプラインの実行は、.fastq ファイルをアップロードしてボタンをクリックするだけで簡単です。
スピーディーな結果
クラウドネイティブの超高速サーバーのおかげで、サンプル分析は通常 1 時間以内に完了します
ATAC-Seq データに最適化されたレポート
Basepair の ATAC-Seq パイプラインには、アライメント、QC、リード数、遺伝子本体および転写開始部位のヒートマップ、オープン クロマチン領域の同定、アノテーションなどの包括的なオプションが含まれています。 分析を実行すると、すべての プロットと図が自動的に生成され、すぐに出版できる結果が得られます。
QCプロット
トリム前後の QC チャートを使用して、生の ATAC-Seq データの品質を検査します。 QC スコアを使用すると、データセット内のシーケンスの問題や汚染を簡単に発見できます。
リードカウントフロー
読み取りカウントのフローは、トリミング、アラインメント、および重複排除プロセスの最後に使用可能な読み取りの全体像を提供するのに役立ちます。 この図をデータ分析の組み立てラインとして考えてください。生データを入力し、使用可能な読み取りの出力を取得します。
ゲノムブラウザ
Basepair に組み込まれた Genome Browser を使用すると、生のゲノム データを鳥瞰図で見ることができます。 当社のプラットフォームはあらゆる変換を内部で処理し、追加のファイル変換やソフトウェアを必要とせずに、ATAC-seq データの視覚的な概要を表示します。
ピークテーブル
データ内の信号ピークを簡単に識別します。 各ピークにはプロモーター、イントロン、または遺伝子間の注釈が付けられ、対応する遺伝子が表に表示されます。
インサートサイズプロット
ATAC-seq は、ヌクレオソームを含まない DNA の測定に加えて、局所的なクロマチン構造も捕捉します。 インサートのサイズ分布は、通常、200 bp および 400 bp のモノヌクレオソーム フラグメントおよびジ ヌクレオソーム フラグメントの濃縮を示します。 成功したライブラリには、サブヌクレオソーム (<100 bp) フラグメントとヌクレオソーム サイズのフラグメントの両方が混合されている必要があります。
ピーク分布
ピーク分布プロットを使用すると、プロモーター、遺伝子本体、および遺伝子間のピークの分布が一目でわかります。
遺伝子本体と転写開始部位のヒートマップとプロファイル
ヒートマップと複合プロファイルは、転写開始部位 (TSS) と注釈付き遺伝子の周囲のデータを要約します。 これにより、アクセスしやすい遺伝子プロモーターと周囲の領域のシグナルを比較することで、ATAC-seq データの品質を視覚的に評価できます。
6サンプル フリートライアル 実施中
最大6つのサンプルを無料でアップロードして分析できます。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限です。世界トップクラスの機関、研究室、製薬チームがBasepairを使用して、数千ドルを節約している理由をご覧ください。