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TechBlog
RNA-Seqデータのトリミング
アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます（シーケンシングの技術的背景 […] -
TechBlog
非ヒト種のパスウェイエンリッチメントの実施
背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […] -
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SAMtoolsとSambambaの比較： どちらのツールがBAMファイルをより速くソートできる？
NGSアライメントツールの性能は継続的に向上していますが、アライメントデータをソートするのにアライメントよりも多くの時間を要するようになりました。最近、SAMtoolsバージョン1.xでソートの並列処理がサポートされ、ソ […] -
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Basepairの誕生秘話
Basepairは2008年に設立されました。BasepairのCEOであるAmit Sinhaが、ハーバード大学医学部やその他の研究機関に勤務していた際に、次世代シーケンス（NGS）解析の際に彼が個人的に直面していた課 […] -
Announcements
バイオインフォマティシャンにスーパーパワーを提供
バイオインフォマティシャンにとって時間はすべてです。活発な研究開発グループが分析が必要な新しいデータセットを常に作成しているため、その要求に応え続けることは困難な戦いです。バイオインフォマティクス部門のアソシエートディレ […] -
Bioinformatics
ATAC-Seq 解析とパイプラインの概要
ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […] -
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シーケンスコアよりも高速: Yale Glazer LaboratoryがBasepairを使用してカスタムNGSパネルで150サンプルを分析した方法
生物医学エンジニアのRachael Putmanさんは昨年学士号を取得したが、それでもこの若い科学者はイェール大学のグレイザー研究所の一員として最先端の研究を追求することを止めなかった。 Putman氏の研究は、マウス胚 […] -
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NGSデータの品質管理と前処理のベストプラクティス：研究者向けガイド
学術研究者として、私たちは次世代シーケンス (NGS) データの分析が複雑で時間がかかる可能性があることを知っています。 NGSデータの品質は下流の分析の精度に直接影響するため、最初から高品質のデータを確実に生成すること […] -
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Memorial Sloan Kettering Cancer Center（MSKCC）が200のNGSデータをコードを書かずに分析した方法
Memorial Sloan Kettering Cancer Center（メモリアル・スローン・ケタリングがんセンター、MSKCC）のDr. Omar Abdel-Wahabが、ASXL2（AML1-ETO融合腫瘍タ […] -
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EpiCypherがBasepairのカスタムNGS分析ソリューションを使用してアッセイ開発をどのように加速したか
場合によっては、一般的なNGS分析パイプラインでは十分ではなく、チームがカスタムソリューションを必要とすることがあります。 EpiCypherは、エピジェネティック生物学およびクロマチン生物学の最先端技術を開発するバイオ […]
