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BasepairでのDe-novo assembly (Trinity)パイプライン
De-novo assembly（Trinity）パイプラインは、リファレンスゲノムなしで全長の転写産物を再構築するために使用されます。このパイプラインでは、まず品質管理と低品質リードのトリミングを行います。次に、短いR […] -
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fastpによる品質評価と前処理のアウトプットファイル
アウトプットファイルは、FASTQファイルの品質評価と前処理から生成されます。これらのアウトプットファイルは、各解析の「Input/output」タブ内にあり（図1の赤枠）、特に論文発表や下流の解析に役立ちます。 図1. […] -
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Basepair上での解析のためのGEOデータセットの容易な取得
はじめに 多くの研究者が、Gene Expression Omnibus (GEO)データベースで、興味のある研究に関連する特定のデータセットを検索しています。このデータセットは、多くの種類の二次研究や、開発・評価手法に […] -
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BasepairでのIntegrative genomics viewerの使用
Basepairの各解析レポートには、生データを可視化できるゲノムブラウザ（Integrative genomics viewer、IGV）が含まれています。 ゲノムブラウザへのアクセス 1) 解析レポートにア […] -
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BasepairのGene fusion finding (deFuse) パイプライン
deFuseパイプラインは遺伝子融合を検出するために使用されます。このパイプラインはまずリードをリファレンスゲノムにアライメントします。次に、融合している可能性のある遺伝子を検索します。最後にフィルタリングを行い、偽陽性 […] -
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Basepair でのDNA-seq QC, Alignment (BWA) パイプライン
このパイプラインではDNA-seqのFASTQデータの前処理を行います。まず、品質評価と低品質データのトリミング、そしてアライメントを行います。次に重複リードを除去します。最後にゲノムカバレッジを計算します。 パイプライ […] -
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BasepairでのCuffdiffパイプライン
Cuffdiffパイプラインは、サンプルグループ間のアイソフォームレベルの発現変動解析を実行するために使用されます。Cuffdiff パイプラインが実行されると、最初に Expression coun […] -
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BasepairでのCufflinksパイプライン
Cufflinksパイプラインを実行すると、最初にExpression count (STAR)パイプラインが自動的に実行されます。このCufflinksパイプラインは、STARパイプラインでアラインメントされたリードを […] -
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BasepairでのATAC-seq Peaks, Motif (MACS2)パイプライン
このパイプラインを実行すると、最初に「ATAC-seq alignment (Bowtie2)」パイプラインが自動的に実行されます。その次に実行されるMACS2パイプラインでは、「ATAC-seq alignment ( […] -
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Apple Silicon vs クラウド：バイオインフォマティクスワークフローの最適化
バイオインフォマティクス研究において、Apple Siliconのようなローカルコンピューティングリソースとクラウドベースのソリューションのどちらを選択するかを決定することは、効率性、コスト、スケーラビリティを最適化する […]
