Basepairでできる解析
Basepairは、NGS解析の際によく行われるWGS/WESやRNA-SeqなどからATAC-Seq、ChIP-Seqなどよく使われるパイプラインを実装済みです。どのパイプラインもfastqなど生データをアップロードして解析を選択するだけで、解析が可能です。QCやトリミングも自動的に実行され、ボルケーノプロットやクラスタリングなどの最終結果まで一気に行われます※。
Basepairは随時アップデートを行なっています。もし、使いたいパイプラインがない場合もご相談ください。
※ 解析により異なる場合があります。
解析・パイプライン
ログインするとすべてのパイプラインが確認できます。
RNA-Seq
発現変動解析によく使われるDESeq2をはじめ、発現カウントのSTARやTophat、融合遺伝子解析のdeFuse、de-novoアセンブリーのためのTrinity、Cufflinks、Cuffdiffなどを用意しています。small RNA、miRNAに対応したパイプラインもあります。
シングルセルRNA-Seq
アライメント(STAR), バーコード抽出 (UMI-tools), クラスタリング・可視化 (Seurat)を一括して行うことができます。2グループ間の比較にも対応しています。
Genome/WGS/WES
GATKを使ったCNV（Copy Number Variation）、mutectやMANTAを用いたstructural variant、indelなどの解析が可能です。CRISPRのバリデーションを行うパイプラインも用意しています。
エピゲノム
Bowtie2やBWAを使ったアライメント、ピーク検出やモチーフ解析のMACS2、HOMERなどを用意しています。ATAC-Seq、ChIP-Seqのみならず、CUT&RUNやCUT&TAGにも対応しています。
ユーティリティ
BAM to FASTQやGEOからのデータコピー、GEOへのデータアップロードを用意しています。SRA Toolkitsを使わずにデータのインポートが可能です。