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TechBlog
Basepairでのエピジェネティクスデータのモチーフ検出とアノテーション
はじめに モチーフ検出とは、繰り返し現れる短いDNA配列を検出することです。エピジェネティクスでは、転写因子や他の制御タンパク質の結合部位を表します。 モチーフの検出はピークコーリングの後に行われます(図1)。ピークコー […] -
TechBlog
Basepairを使う前と後
Basepairのバイオインフォマティシャンと開発者チームは、Basepairを始めるまで15年以上NGSデータ解析に携わってきました。昔ながらの手作業によるNGSデータ解析の時代には、楽しいこともありましたが…フラ […] -
TechBlog
Basepairの誕生秘話
Basepairは2008年に設立されました。BasepairのCEOであるAmit Sinhaが、ハーバード大学医学部やその他の研究機関に勤務していた際に、次世代シーケンス(NGS)解析の際に彼が個人的に直面していた課 […] -
Bioinformatics
ATAC-Seq解析とパイプラインの概要
ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […] -
CaseStudy
Memorial Sloan Kettering Cancer Center(MSKCC):200のNGSデータをコードを書かずに分析した方法
Memorial Sloan Kettering Cancer Center(メモリアル・スローン・ケタリングがんセンター、MSKCC)のDr. Omar Abdel-Wahabが、ASXL2(AML1-ETO融合腫瘍タ […] -
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Basepairを使用したNGS結果の視覚化
作家は文章を書き、画家は絵を描き、ゲノミクス研究者は…バイオインフォマティクスパイプラインがNGSデータの処理を完了するまで辛抱強く待っているのに、結果の視覚化に同じくらいの時間を費やすだけでしょうか? 長年、研究者およ […]