CUT&RUN / CUT&TAG へようこそ!
CUT&RUN (Cleavage Under Targets & Release using Nuclease) および CUT&TAG (Cleavage Under Targets & Tagmentation) は、ゲノム全体のタンパク質と DNA の相互作用を高い感度と特異性でマッピングできる次世代シーケンシング (NGS) 技術です。 Basepair は、この種のデータの分析に必要な業界標準ツール (Bowtie2、SEACR、Homer、MACS2 など) へのポイント アンド クリック グラフィカル ユーザー インターフェイスを提供するため、それらを自分で実行する方法を理解するのに時間を費やす必要はありません。
アップロード、分析、視覚化。以上。
私たちは、CUT&RUN および CUT&TAG データ分析を非常にシンプルにして、プログラミング経験のないユーザーでも、結果が得られるまで何日も待つ時間のないユーザーでも、自動化されたパイプラインを実行できるようにしたいと考えていました。 データのアップロードも簡単です。 ファイルをドラッグ アンド ドロップするか、Basespace に直接接続するか、独自のクラウド ストレージ バケットを使用するだけです。 インタラクティブ レポートのビジュアライゼーションの 1 つでデータの興味深い関係や傾向が観察された場合は、情報に基づいた質問について生物情報学者と協力する時期かもしれません。
業界標準ツールによる透明性と再現性
当社のプラットフォームは、QC やチャートの読み取りから、すぐに出版できるインタラクティブなプロットに至るまで、再現性と透明性を重視して設計されています。 当社のプラットフォームで利用できるすべての CUT&RUN ツールと CUT&TAG ツールは、高く引用され、査読されている業界標準のアルゴリズムです。 それらには次のものが含まれます。
- Bowtie2 は、高感度と特異性で高品質のリードを参照ゲノムまたはアセンブリに位置合わせする、高速かつ正確なアライメント ツールです。 幅広いリード長を処理できるように設計されており、さまざまな生物や実験条件からの CUT&RUN および CUT&TAG NGS データの分析に適しています。
- SEACR (自己相関領域の信号抽出) は、CUT&RUN および CUT&TAG NGS データ分析用に特別に設計されたツールです。 データからシグナルを抽出し、高い感度と特異性で濃縮された領域を特定します。 SEACR は、そのようなデータに固有の自己相関も補正し、その結果、より正確なピーク コールとダウンストリーム分析の向上が実現します。
- Homer は、ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&TAG NGS データを分析するためのツールスイートです。 これには、モチーフの発見、ピークの呼び出し、および差分分析のためのツールが含まれています。 Homer のピーク コーリング アルゴリズムは、動的なバックグラウンド モデルを使用して、ノイズの多いデータであってもピークを正確に識別します。 また、遺伝子オントロジーやパスウェイ分析などの機能アノテーションのためのツールも含まれています。
- MACS2 (Model-based Analysis of ChIP-Seq 2) は、ChIP-seqと =CUT&RUN および CUT&TAG NGS データの両方におけるピーク コール用のもう 1 つの人気のあるツールです。 確率モデルを使用してピークを識別し、ピーク呼び出しとピークフィルタリングのための多数のオプションが含まれています。 MACS2 には、視覚化、注釈、差分分析のためのツールも含まれています。
商用グレードのソフトウェアを手頃な価格で
正直なところ、大量のサンプルを処理する必要がない限り、年間ソフトウェア ライセンスを好む人はいません。 Basepair では、前払いのライセンス料金なしの従量課金制使用モデルにより、サンプルあたりわずか15ドルから開始できるため、あらゆる予算で利用できます。 これには、すべてのツール、分析コンピューティング、ビジュアライゼーションへの無制限のアクセス、いつでもどこでもデータにアクセスできる12か月のクラウド ストレージなど、必要なものがすべて含まれています。 個々のニーズに合わせた年間プランも提供しています。
単なるフラットファイル以上のもの
すべての中間ファイルをダウンロードできるようになります。 すべてのグラフや図は、すぐに出版できる高品質の画像としてダウンロードすることもできるため、論文の作成やパワーポイントの作成が少し簡単になります。
それ以外の場合は、パラメーターとしきい値を変更するとすべてのインタラクティブなビジュアライゼーションが動的に更新されるため、データを詳細に調査して次の科学的洞察を促進することができます。
バイオインフォマティクスチームは?
簡素化された外観にもかかわらず、Basepair は内部で強力なバイオインフォマティクス アルゴリズムを搭載しています。 当社はすでに標準分析パイプラインをサポートしており、必要に応じてバイオインフォマティクス チームと喜んで協力して、承認されたカスタム ワークフローをプラットフォームに展開します。 さらに、Basepair は CLI と強力な API を通じて拡張できるため、バイオインフォマティクス チームはより使い慣れた方法で Basepair を操作できます。
6サンプル フリートライアル 実施中
最大6つのサンプルを無料でアップロードして分析できます。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限です。世界トップクラスの機関、研究室、製薬チームがBasepairを使用して、数千ドルを節約している理由をご覧ください。