NGSのデータを自分で分析できたらどうなるでしょうか?
自分で解析ができるようになれば、数週間の時間を節約でき、科学的な洞察や出版までの時間を短縮できます。生ファイルをBasepairにアップロードするだけで、コーディングはまったく必要なく、業界標準のパイプラインを使用して分析できます。 インタラクティブなレポートを使って、興味のある遺伝子に簡単に焦点を当てることができ、きれいなグラフも手に入ります。
さぁ始めましょう。コーディングは不要です。
NGSサービスプロバイダーが提供している標準解析で十分ですか？コラボレーターにお願いしますか？それとも、コーディングを学び、自分で行いますか？どれも時間がかかります。Basepairは、データをアップロードするだけで開始できます。データQCからビジュアリゼーションまで各種パイプラインを揃え、簡単なパッケージにまとめています。生データをアップロードすれば、ブラウザ上でインタラクティブなレポートを使って、さらに洞察を深めることができます。
新しいガイドをご覧ください。 NGS データの品質管理と前処理のベスト プラクティスに関する
すぐに使える美しいビジュアルレポート
分析結果が長いテキストファイルで出力されるまで何週間も待ったことはありませんか? Basepair は、下流分析にとってレポートとビジュアルがいかに重要であるか、そしてその設定がどれほど面倒であるかを理解しています。 そのため、分析レポートの一部として、視覚的でインタラクティブなコンポーネントを多数含めています。 数回クリックするだけで、高解像度のグラフ (.png および .svg 形式) をダウンロードし、ポスターや論文で使用できます。 また、同僚と共有したり、サードパーティのアプリケーションにインポートしたりするためにすべての中間ファイルにアクセスする必要がある場合、それらはすべて利用可能であり、すぐにダウンロードできます。
様々なアプリケーションに対応
NGS データの分析には、多くの場合、複数のコマンドラインソフトウェア、プログラム間のファイル変換、およびさまざまなアルゴリズムが完了するまでの無駄な時間を必要とする、さまざまなオープンソースツールを使用したバラバラなアプローチが含まれます。 Basepairでは、このプロセスを自動化し、ゲノミクス (WGS、WES、パネル)、エピジェネティクス (ATAC-Seq、CUT&RUN、CUT&TAG)、トランスクリプトミクス (バルクRNA-Seq、scRNA-Seqにわたる多数のデータタイプに対応する複数のツールとステップをワンクリックパイプラインに統合しました。 同時に、パイプラインはすべて、引用度の高いオープンソースツールに基づいて構築されているため、結果と作業の再現性に自信を持っていただけます。 利用可能なさまざまなツールを確認してください 。
シンプルな価格設計
RNA-Seqは1サンプルあたり5,800円（税別）。一度データをアップロードしたら、解析は無制限です。データは12ヶ月間保持されますので、いつでも、アイデアが浮かんだときに解析を再開することができます。NGSサービスプロバイダーとの再解析のやり取りは不要です。もちろん大量のデータを扱う場合は、アニュアルライセンスでも利用可能です。
バックエンドはお任せください
BasepairはAWSのパートナーであり、日本のBasepairプラットフォームはAWSの東京リージョンで稼働しています。私たちはお客様にとってデータセキュリティがいかに重要であるかを理解しています。 Basepairのプラットフォームは最先端の暗号化技術を使用して構築されており、ゲノムデータの処理に関する dbGaP セキュリティ ベストプラクティスに従っています。 所属機関がサーバーやクラウドストレージを採用している場合は、Basepairをそれらに接続することも可能です。
共有も簡単
研究は一人で進めるものではなくなっています。同じ研究室の中の他のメンバーとも議論が必要ですし、共同研究先との共有も必要です。Basepairでは、データの共有も簡単です。データを共有するユーザーの電子メールを入力し、権限レベルを割り当てます。表示専用アクセス、編集アクセス、または管理者アクセスを付与できます。いつでも権限レベルを変更したり、ユーザーのアクセスを削除したりできます。
論文もバッチリ
新しいツールを採用する際、それを使用して査読論文に対応できるのか？という点が一つの重要なポイントになります。ご安心ください。すでに、Basepairを使って解析した研究が、Cell、Blood、Nature Communications、Nature Geneticsなど主要雑誌に掲載されています。
Case Study：MSSCC、200サンプルのデータを分析
メモリアル・スローン・ケタリングがんセンターのAbdel-Wahab博士の研究室は、AML1-ETO融合腫瘍タンパク質を持つ急性骨髄性白血病患者で頻繁に変異する遺伝子であるASXL2の分子機構を研究していました。研究室には、すでに配列決定され分析が必要な200個のNGS サンプルがありました。 しかし、研究室のメンバーは誰もバイオインフォマティシャンではなかったため、研究室はサンプルを分析するために外部のソリューションを見つける必要がありました。 よくあることですが、大学のバイオインフォマティクスコアは未整備でした。チームは、多数のサンプルに対応でき、追加の支援を雇う必要がなく簡単に使用できる、手頃な価格のNGSデータ分析ソリューションを必要としていました。
彼らは Basepairを使用して、NGSデータをわずか数時間で分析しました。 チームはこれまで NGSデータを分析したことがありませんでしたが、Basepairのシンプルで直感的なインターフェイスにより、サンプルに対して200以上の分析を大規模に実行することができました。
このプロジェクトのデータは、Nature Communicationsに論文を掲載するために使用されました。
最初にいくつかの古いデータセットを分析したところ、Basepairの結果は以前の手動分析と同等かそれ以上でした。 Basepair の気に入った点は、分析パイプラインで利用可能な最高のツールを使用しているため、結果が高品質で、容易に公開できるものであったことです。 Basepairを使用すると、数回クリックするだけでデータを Gene Expression Omnibusに預けることもできます。
6サンプル フリートライアル 実施中
最大6つのサンプルを無料でアップロードして分析できます。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限です。世界トップクラスの機関、研究室、製薬チームがBasepairを使用して、数千ドルを節約している理由をご覧ください。