RNA-Seq

ベンチサイエンティストと バイオインフォマティシャンの両方のための RNA-Seq 解析および視覚化プラットフォーム

わずか数回のクリックで、データのアップロードからインタラクティブな視覚化によるデータ探索までを行うことができます。バイオインフォマティクスやコーディングの経験は必要ありません。 Basepair の自動パイプラインは、QC、アライメント、示差発現などを含むすべての中間ステップを処理します。 ただし、よりきめ細かい制御と拡張性が必要な場合は、Basepair に、あらゆる使用レベルでの CLI や API アクセスなどのエンタープライズ機能が付属しています。

透明性と再現性を標準装備

当社の監査対応 NGS データ分析プラットフォームは、QC やチャートの読み取りから、すぐに公開できるインタラクティブなプロットまで、再現性と透明性を重視して設計されています。 STAR、DESeq2、Tophat、Cufflinks など、当社のすぐに使用できるパイプラインで使用されているすべての RNA-seq ツールは、業界標準のパブリック ドメイン アルゴリズムであり、多くの引用と査読が行われています。

手頃な価格の商用グレードのソフトウェア

ソフトウェアを頻繁に使用するか、処理するサンプルが大量にあることがわかっている場合を除き、年間ソフトウェア ライセンスを好む人はいません。Basepairでは、前払いライセンスなしで、１サンプルあたり40ドルの従量課金制の使用モデルから始めることができ、事実上あらゆる予算で利用できるようになります。 さらに、これには、すべてのツール、分析コンピューティング、ビジュアライゼーションへの無制限のアクセス、さらに12か月のクラウド ストレージなど、必要なものがすべて含まれているため、いつでもどこでもデータにアクセスできます。

不良なデータ入力、不良な分析情報出力

NGSデータほどこれは当てはまるものもありません。 すべてのRNA-Seqレポートには、データの品質の概要を示すQC チャートが含まれています。 最高品質の出力を保証するために、Basepair は生データをチェックし、品質評価を割り当てます。 このスコアにより、入力データ内の汚染のほか、塩基分布やその他の有用な情報が明らかになります。読み取りの追跡は、どのデータをトリミングしたか、どのデータが使用可能かなど、作業している内容を明らかにする優れた方法です。 QC チャートと併せて読み取りカウントを使用すると、生データに対する読みやすく正確な洞察が得られます。

発現カウントテーブル

発現数は、遺伝子のエクソンにアラインメントされたリードの数です。 結果には、各遺伝子のメトリクスの実際的な概要を示す発現数チャートと表の両方が含まれます。

ゲノムブラウザ

ゲノムブラウザの場合、アラインメントされたリードはゲノムカバレッジに変換され、ゲノム内の各位置のリード数を表します。 このインタラクティブなプロットは、視覚化のためにファイルを変換する必要がなく、生データの鳥瞰図を提供します。Basepairは内部ですべてを自動的に実行します。

ボルケーノプロットとヒートマップ

ボルケーノ プロットは、上方制御および下方制御された遺伝子を作成するための閾値を決定するのに役立ちます。 一連のフィルターと p値スライダーを使用すると、ボルケーノプロットとそれに付随するヒートマップをその場で変更できます。 その後、両方の高解像度画像をダウンロードして、公開またはさらなる下流分析を行うことができます。

遺伝子セットのエンリッチメント

差次的発現解析（Differential Expression）の結果を生物学的洞察に変えるために、厳選された遺伝子オントロジーおよび細胞経路データベースを使用して遺伝子セット濃縮解析を実行します。