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Bioinformatics

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    なぜインタラクティブレポートなのか?

    RNA-Seqのデータ解析は、エクセルやRと格闘したり、受注会社に依頼したりすることが多いと思います。これには、時間とコストがかかります。インタラクティブレポートを使うと、大きく時間をコストを圧縮することができます。 R […]
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    KEGGパスウェイ解析

    BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology(GO)エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています(図1)。また、必要に応 […]
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    シングルセルのマーカー遺伝子の同定

    背景 シングルセル解析では多くの場合、クラスタリング解析を行います。そこでは、クラスター内のマーカー遺伝子を同定することが重要です。これにより、サンプル内の各クラスターの細胞種を特定することができます。 Seuratによ […]
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    Basepair上でエンリッチメント解析 (GSEA/Gene set enrichment analysis)

    エンリッチメント解析(GSEA)はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […]
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    大幅にアップグレードしたシングルセルRNA-seqパイプラインのご紹介

    主な特徴 この度、BasepairのシングルセルRNA-seq(scRNA-seq)パイプラインが大幅にアップデートされました。新しく機能を追加するとともに、効率性、使いやすさの面で多くの改善を行いました。 1.&nbs […]
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    RNA-Seqデータのトリミング

    アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます(シーケンシングの技術的背景 […]
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    ATAC-Seq解析とパイプラインの概要

    ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […]
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