RNA-Seq

deFuseパイプラインは遺伝子融合を検出するために使用されます。このパイプラインはまずリードをリファレンスゲノムにアライメントします。次に、融合している可能性のある遺伝子を検索します。最後にフィルタリングを行い、偽陽性 […]

Cuffdiffパイプラインは、サンプルグループ間のアイソフォームレベルの発現変動解析を実行するために使用されます。Cuffdiff パイプラインが実行されると、最初に Expression coun […]

Cufflinksパイプラインを実行すると、最初にExpression count (STAR)パイプラインが自動的に実行されます。このCufflinksパイプラインは、STARパイプラインでアラインメントされたリードを […]

RNA-Seqのデータ解析は、エクセルやRと格闘したり、受注会社に依頼したりすることが多いと思います。これには、時間とコストがかかります。インタラクティブレポートを使うと、大きく時間をコストを圧縮することができます。 R […]

パスウェイ解析とは  Basepairではパスウェイ解析も行うことができます。あらかじめ定義された遺伝子や遺伝子産物の位置、遺伝子同士の相互作用などの情報を含んだモデルをもとに行うため、より生物学的な議論を行う […]

なぜFASTQの品質が重要か FASTQの品質は、下流の解析の品質に影響します。 FASTQデータには、低品質リードが含まれることがあります。多くの場合、これはシーケンシングエラーやPCRバイアスなどの要因によって生じま […]

BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology（GO）エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています（図1）。また、必要に応 […]

エンリッチメント解析（GSEA）はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […]

Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […]

FASTQファイルは単なるファイルでも、単なるデータでもありません。FASTQファイルは、実験、ライブラリー調製、シーケンスなどに費やした数え切れないほどの時間の集大成です。データを収集するのに費やした時間は、おそらくあ […]