-
TechBlog
BasepairでのシングルセルRNA-seqパイプラインのアウトプットファイル
パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。 Alevin ファイル名ファイルの説明extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特定された有効な細胞の […] -
TechBlog
BasepairでのシングルセルRNA-seqパイプライン
シングルセルRNA-seqパイプラインではfastpを用いてQCとトリミングを行います。まず、UMI-toolsを用いてバーコードとユニーク分子識別子(UMI)を抽出します。次に、STARを用いてアライメントを行います。 […] -
TechBlog
FASTQファイルの品質評価と前処理
なぜFASTQの品質が重要か FASTQの品質は、下流の解析の品質に影響します。 FASTQデータには、低品質リードが含まれることがあります。多くの場合、これはシーケンシングエラーやPCRバイアスなどの要因によって生じま […] -
TechBlog
バイオインフォマティクスのコスパとタイパ
Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […] -
TechBlog
自動化されたワークフローが NGS 分析を簡素化する仕組み
NGS データ分析のボトルネック 今日の次世代シーケンス (NGS) における最大のボトルネックの1つはデータ分析です。これは、すぐに利用できる大規模なコンピューティング、数千のサンプルを並行して処理するための利用可能な […]