STAR

RNA-Seqのデータ解析は、エクセルやRと格闘したり、受注会社に依頼したりすることが多いと思います。これには、時間とコストがかかります。インタラクティブレポートを使うと、大きく時間をコストを圧縮することができます。 R […]

DESeq2パイプラインが実行されると、最初にExpression count（STAR）パイプラインが自動的に実行されます。DESeq2パイプラインはSTARパイプラインで生成された遺伝子カウントマトリックスを使用しま […]

パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。 Alevin ファイル名ファイルの説明extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特定された有効な細胞の […]

シングルセルRNA-seqパイプラインではfastpを用いてQCとトリミングを行います。まず、UMI-toolsを用いてバーコードとユニーク分子識別子（UMI）を抽出します。次に、STARを用いてアライメントを行います。 […]

なぜFASTQの品質が重要か FASTQの品質は、下流の解析の品質に影響します。 FASTQデータには、低品質リードが含まれることがあります。多くの場合、これはシーケンシングエラーやPCRバイアスなどの要因によって生じま […]

Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […]

NGS データ分析のボトルネック 今日の次世代シーケンス (NGS) における最大のボトルネックの1つはデータ分析です。これは、すぐに利用できる大規模なコンピューティング、数千のサンプルを並行して処理するための利用可能な […]