BasepairでのシングルセルRNA-seqパイプラインのアウトプットファイル

パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。

シングルRNA-seqパイプラインによって生成されたすべてのアウトプットファイルは、「Input/output 」タブ(下図の赤枠)にあります

Alevin

ファイル名ファイルの説明
extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特定された有効な細胞のバーコードのリスト。これらのバーコードは、特定の品質閾値超えの個々の細胞に該当します
(テキスト形式)

QC, Trim

ファイル名ファイルの説明
qc/<SAMPLE_NAME>.trim.report.html 生リードの品質管理およびトリミング後の詳細レポート。リードの品質に関する統計情報が含まれます。例えば、塩基の品質と長さの分布などです
(html形式)

Align (STAR)

ファイル名ファイルの説明
star/<SAMPLE_NAME>.<genome>.bam STARによって生成された圧縮BAMファイル。リファレンスゲノムにマッピングされたシーケンスデータからのアラインメントリードを含みます
star/<SAMPLE_NAME>.<genome>.bam.bai BAMファイルのインデックスファイル。ゲノムブラウザなどのツールで、BAMファイルへの効率的なランダムアクセスを可能にします

Expr count

ファイル名ファイルの説明
featurecounts/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts_gene.txt featureCountsによって生成された遺伝子レベルの発現数。各遺伝子に割り当てられたリードの数を提供します
(テキスト形式)
featurecounts/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts_transcript.txt

 
featureCountsによって生成された遺伝子レベルの発現数。遺伝子(テキスト形式)ではなく、個々の転写産物(アイソフォーム)に割り当てられたリードの数を提供します
(テキスト形式)

Matrix

ファイル名ファイルの説明
matrix/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts.tsvデータセット中のセル間で各遺伝子に割り当てられたリードの生カウントを含むマトリックスファイル。行は遺伝子、列は細胞を表します
(タブ区切り形式)
matrix/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts_id.tsv counts.tsv ファイルで使用される遺伝子 ID(または転写産物 ID)。遺伝子・転写産物名とカウントデータの対応付けに役立ちます

Seurat

ファイル名ファイルの説明
seurat/features.csv Seurat解析で同定された遺伝子のリスト
(カンマ区切り形式)
seurat/jackstraw.overall.pvalues.csv SeuratのJackStraw解析によって生成されたp値。JackStrawは、PCAのPrincipal Component(PC)の統計的有意性を決定するために使用されます。どのPCが生物学的に意味あるかを特定します
(カンマ区切り形式)
seurat/metadata.csv フィルタリング、正規化、クラスタリング後のSeuratオブジェクトの各細胞のメタデータ。細胞のタイプやクラスタリング結果などの情報が含まれます
(カンマ区切り形式)
seurat/metadata-unfiltered.csv データ処理前の各細胞のメタデータ
(カンマ区切り形式)

Seurat

ファイルの名ファイルの説明
seurat/pcdata.csv SeuratのPCAステップから得られた各細胞のPCスコア
(カンマ区切り形式)
seurat/seurat_object.rds RDS(R Data Serialization)ファイル。処理・解析後のSeuratオブジェクト全体を保存しています。生データと正規化されたデータとメタデータが含まれています
seurat/tsne.csv 各細胞のt-SNE (t-distributed Stochastic Neighbor Embedding)座標。t-SNEは非線形次元削減法です。2D・3D空間における細胞のクラスターを可視化するために使用されます
(カンマ区切り形式)
seurat/umap.csv 各細胞の UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection)座標。UMAPも細胞のクラスターを可視化する技術です
(カンマ区切り形式)

TopList

ファイル名ファイルの説明
toplist/toplist/toplist/toplist.zip 同定されたマーカー遺伝子を含むzipファイル。0.1-2.0の解像度のヒートマップも提供します

GSEA GO & Pathway Analysis

ファイル名ファイルの説明
gsea/gsea/<SAMPLE_NAME>.GO.zip GOエンリッチメント解析結果を含む圧縮ファイル。各分解能における各クラスターの結果が含まれます
gsea/gsea/<SAMPLE_NAME>.pathway.zip Reactomeのエンリッチメント解析結果を含む圧縮ファイル。各分解能における各クラスターの結果が含まれます

参考文献

1. GitHub. (2024). scRNA-seq data analysis tools. Github. https://github.com/mdozmorov/scRNA-seq_notes

関連ブログ

シングルRNA-seq解析https://basepairtech.jp/analysis/single-cell-rna-seq/

エンリッチメント解析https://basepairtech.jp/blog/1973/