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Bioinformatics
なぜインタラクティブレポートなのか？
RNA-Seqのデータ解析は、エクセルやRと格闘したり、受注会社に依頼したりすることが多いと思います。これには、時間とコストがかかります。インタラクティブレポートを使うと、大きく時間をコストを圧縮することができます。 R […] -
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BasepairでのDESeq2パイプライン
DESeq2パイプラインが実行されると、最初にExpression count（STAR）パイプラインが自動的に実行されます。DESeq2パイプラインはSTARパイプラインで生成された遺伝子カウントマトリックスを使用しま […] -
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Reactomeパスウェイエンリッチメント解析のアウトプットファイル
「DESeq2」パイプラインによって生成された全てのアウトプットファイルは「Input/output」タブ（赤枠 1）にあります。Reactome のパスウェイエンリッチメント結果は、「pathway […] -
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Reactomeパスウェイエンリッチメント解析からアウトプットされたGSEAレポート
DESeq2パイプラインでパスウェイエンリッチメント解析を実行するとGSEAレポートが作成されます。このレポートはzipフォルダ（図1の青枠）にあります。このフォルダは「Input/output」タブ（図1の赤枠）からア […] -
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バイオインフォマティクスのコスパとタイパ
Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […] -
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Basepairを使用したNGS結果の視覚化
作家は文章を書き、画家は絵を描き、ゲノミクス研究者は…バイオインフォマティクスパイプラインがNGSデータの処理を完了するまで辛抱強く待っているのに、結果の視覚化に同じくらいの時間を費やすだけでしょうか? 長年、研究者およ […]
