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BasepairでのSingle cell RNA-seq integrateパイプラインのアウトプットファイル
IntegrateパイプラインでSeuratが生成するアウトプットファイルについて説明します。アウトプットファイルは、「Input/output」タブ（下図の赤枠）にあります。 Seurat ファイル名ファイルの説明se […] -
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BasepairでのSingle cell RNA-seq integrateパイプライン
Integrateパイプラインは、異なるシングルセルRNA-seqサンプルを比較するために使用します。ここでは、シングルセルRNA-seqパイプラインで生成された各サンプルのSeurat Objectをインプットとして使 […] -
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BasepairでのシングルセルRNA-seqパイプラインのアウトプットファイル
パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。 Alevin ファイル名ファイルの説明extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特定された有効な細胞の […] -
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BasepairでのシングルセルRNA-seqパイプライン
シングルセルRNA-seqパイプラインではfastpを用いてQCとトリミングを行います。まず、UMI-toolsを用いてバーコードとユニーク分子識別子（UMI）を抽出します。次に、STARを用いてアライメントを行います。 […] -
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FASTQファイルの品質評価と前処理
なぜFASTQの品質が重要か FASTQの品質は、下流の解析の品質に影響します。 FASTQデータには、低品質リードが含まれることがあります。多くの場合、これはシーケンシングエラーやPCRバイアスなどの要因によって生じま […]
