ChIP-Seqの結果

アライメントのワークフロー

アライメントワークフローは、fastq データから始まり、QC を実行し、リードをゲノムにアライメントし、重複リードを削除して、ゲノムカバレッジファイルを作成します。

• Sample.trimmed.per-base-quality.png：fastq データの基本品質
• Sample.trimmed_fastqc.zip：すべての QC 結果
• Sample.genome.bam [.bai]：アライメントされたbamファイル
• Sample.genome.dedup.bam [.bai]：アライメントされ重複排除された bam ファイル、重複した読み取りを削除
• Sample.genome.alignment-summary.png：アライメントされたリードの割合を示す図
• Sample.genome.dedup.norm-1M.bigwig：bigwigフォーマットのカバレッジ情報。 このファイルは、UCSCゲノムブラウザ、IGVブラウザなどで使用できます。

ピークコーリング（Peak calling）ワークフロー

ピークコーリングワークフローは、アライメント ワークフローのbamファイルを使用して、サンプル単独のピーク、またはコントロールと比較した差分ピークを見つけます。 プロモーター、最も近い遺伝子などとの重複を示すためにピークにアノテーションを付け、サテライトリピート領域と重複するピーク (ノイズの可能性があります) を除外して、プロモーター、ジーンボディ、または遺伝子間ターゲットのリストを作成します。 最後に、ピーク内で既知のモチーフと新規モチーフを見つけます。

• Sample_1_vs_Sample_2.genome.hg19.macs_peaks.bed：Macs はbed形式でピークに達し、IGV または他のブラウザでロードされる可能性があります
• Sample_1_vs_Sample_2.genome.macs_peaks.annotated.xls：アノテーション情報が追加されたピーク。プロモーターとの重複、遺伝子本体または最も近い遺伝子との重複を示します。
• Sample_1_vs_Sample_2.genome.macs_peaks.filtered.xls：サテライト領域と重なるピークはノイズである可能性が高いため、除去します。
• Sample_1_vs_Sample_2.genome.macs_peaks.filtered.targets.xls：標的遺伝子のリスト
• Sample_1_vs_Sample_2.genome.macs_peaks.motifs.zip：山頂にモチーフが見られます。 結果には 2 種類があります: a) 過剰に表現された n-mer をデノボ検索し、それらを既知のモチーフと照合する (homerMotifs.html)、および b) 既知のモチーフを取得し、ピーク内でそれらを検索します (knownMotifs.html) 。