RNA-Seqの結果
アライメントワークフロー
アライメントワークフローは、fastqデータから始まり、QC を実行し、リードをゲノムにアライメントし、アライメント後の QC を実行し、転写物の視覚化とリードカウント用のTDFファイルを作成します。
- Sample.per-base-quality.png：fastq データの基本品質
- Sample.trimmed_fastqc.zip：すべての QC 結果
- Sample.genome.bam [.bai]：アライメントされたbamファイル
- Sample.genome.metrics.png：エクソン、イントロン、または遺伝子間領域にアライメントされたリードの割合を表示します
- Sample.genome.tdf：IGVブラウザ用のTDF形式のファイル
- Sample.genome.counts.txt：すべてのトランスクリプトの発現数
- Sample.genome.counts.png：すべてのトランスクリプトの発現数のヒストグラム
差次的発現（Differential Expression）ワークフロー
このワークフローは、アライメントワークフローからの発現数データを使用し、すべての転写産物間の発現差を計算します。
- Group_1_vs_Group_2.norm.gct：GCT 形式のすべてのサンプルの正規化された発現数データ。 このファイルは、GSEA または同様のプログラムに使用される可能性があります。
- Group_1_vs_Group_2.cls：CLS 形式のクラス情報。
- Group_1_vs_Group_2.diffexpr.w_symbols.txt：すべての転写産物の倍率変化、p値、および複数の仮説で補正された p値を示す表
- Group_1_vs_Group_2.min_count_10.pval_0.05.up.txt：発現が上昇し、平均発現数が 10 以上、p 値が 0.05 未満のトランスクリプト
- Group_1_vs_Group_2.min_count_10.pval_0.05.down.txt：発現が低下しているトランスクリプト、平均発現数 >= 10、p 値 < 0.05
- Group_1_vs_Group_2.min_count_10.pval_0.05.all_ids.txt：平均発現数 >= 10、p 値 < 0.05 で、発現が増加または減少しているすべての転写産物の ID
- Group_1_vs_Group_2.min_count_10.pval_0.05.all_ids.png：トランスクリプトの上昇または下降を示すヒートマップ
- Group_1_vs_Group_2.diffexpr.volcano.png：すべての転写産物の発現変化をボルケーノプロットとして表示します。