PCAプロットに外れ値サンプルのように見えるものが表示されます。どうすればいいですか？サンプルを分析から除外する必要がありますか?

PCAプロットは、外れ値を見つける優れた方法です。 何よりもまず、なぜそのサンプルが外れ値なのかを試して理解するための出発点が得られます。それが重要な質問です。サンプル内で生物学的に異常なことが起こっているからでしょうか？1 つのサンプルは治療に反応しなかったため、対照と同様に見えたのでしょうか? サンプルのラベルが間違っていましたか？それとも、サンプルを誤って一晩放置したなど、サンプルの準備に何か問題があったためでしょうか？

私たちが提供できる最良の答えは、PCA プロットは何が起こっているのかを把握するための出発点として使用されるべきですが、分析からそのサンプルを除外するかどうかを決定的に示すものではないということです。

不良サンプルで極端な外れ値であると判断した場合は、サンプルを削除し、そのサンプルを使用せずに発現差解析を再度実行できます。 追加料金なしで、データの分析を好きなだけ実行できます。