データの分析はすでに完了しており、リードカウントの発現マトリックスが得られています。さらに分析するためにそのデータを Basepair にアップロードできますか?

いいえ。現時点では、Basepair は BAM および FASTQ 形式の生の読み取りファイルのみを受け入れます。 「BAM to FASTQ」 パイプラインを使用して BAM ファイルを FASTQ 形式に変換することをお勧めします。 これにより、結果全体の一貫性が高まります。