モチーフ分析の目的は何ですか?
モチーフ分析への入力はピークのセットです。 モチーフ分析を行うときは、一連のピークに特定のモチーフが豊富に含まれているかどうかを見つけようとします。 そして、これらのモチーフは、転写因子やジンクフィンガー結合タンパク質のようなものである可能性があります。
これは、データの一種の検証を提供するため便利です。
- たとえば、ターゲットとするタンパク質が特定の転写因子に関連していることがわかっている場合、モチーフ解析を行うときに、その転写因子がピークに濃縮されて表示されるはずです。
- もう1つの便利な方法は、治療と対照を比較する場合で、処理とコントロールの間で変化する一連のピークを取得できる可能性があります。 モチーフ分析を行うと、特定の転写因子が濃縮されていることがわかる場合があります。 これは、治療と対照の間で転写因子の発現が変化していることを意味している可能性があります。
パスウェイ分析と同様に、モチーフ分析では、ChIP-seq サンプルの生物学と何が起こっているかをより詳細に把握できます。 結局のところ、何百、何千ものピークを調べていると、膨大なデータになります。 しかし、モチーフ分析を使用すると、生物学がこれらのピークに関連しているかなど、より詳細なビューを確認できます。 これは、サンプルのさまざまなグループを比較するときに役立ちます。