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DESeq2パイプラインが実行されると、最初にExpression count（STAR）パイプラインが自動的に実行されます。DESeq2パイプラインはSTARパイプラインで生成された遺伝子カウントマトリックスを使用しま […]

「DESeq2」パイプラインによって生成された全てのアウトプットファイルは「Input/output」タブ（赤枠 1）にあります。Reactome のパスウェイエンリッチメント結果は、「pathway […]

DESeq2パイプラインでパスウェイエンリッチメント解析を実行するとGSEAレポートが作成されます。このレポートはzipフォルダ（図1の青枠）にあります。このフォルダは「Input/output」タブ（図1の赤枠）からア […]

パスウェイ解析とは  Basepairではパスウェイ解析も行うことができます。あらかじめ定義された遺伝子や遺伝子産物の位置、遺伝子同士の相互作用などの情報を含んだモデルをもとに行うため、より生物学的な議論を行う […]

IntegrateパイプラインでSeuratが生成するアウトプットファイルについて説明します。アウトプットファイルは、「Input/output」タブ（下図の赤枠）にあります。 Seurat ファイル名ファイルの説明se […]

Integrateパイプラインは、異なるシングルセルRNA-seqサンプルを比較するために使用します。ここでは、シングルセルRNA-seqパイプラインで生成された各サンプルのSeurat Objectをインプットとして使 […]

パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。 Alevin ファイル名ファイルの説明extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特定された有効な細胞の […]

シングルセルRNA-seqパイプラインではfastpを用いてQCとトリミングを行います。まず、UMI-toolsを用いてバーコードとユニーク分子識別子（UMI）を抽出します。次に、STARを用いてアライメントを行います。 […]

なぜFASTQの品質が重要か FASTQの品質は、下流の解析の品質に影響します。 FASTQデータには、低品質リードが含まれることがあります。多くの場合、これはシーケンシングエラーやPCRバイアスなどの要因によって生じま […]

はじめに モチーフ検出とは、繰り返し現れる短いDNA配列を検出することです。エピジェネティクスでは、転写因子や他の制御タンパク質の結合部位を表します。 モチーフの検出はピークコーリングの後に行われます（図1）。ピークコー […]