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Announcements
BasepairがBioIT Worldに登壇します
今年4月15〜17日にボストンで開催されるBio-ITWorldに、BasepairのCCO Simon Valentineが登壇します。 AWS HealthOmicsのシニアプロダクトマネージャー Domen Jem […] -
TechBlog
AWS での NGS データ分析の操作: シーケンシングを初めて行うライフ サイエンス組織のための重要な考慮事項
はじめに 新しいシーケンス機器への投資おめでとうございます! あなたはゲノミクスの広大な世界に隠された秘密を解き明かす鍵を握っています。 しかし、この取り組みはデータ生成で終わるわけではありません。 そこから始 […] -
TechBlog
ChIP-seqデータのパスウェイエンリッチメント解析
すでにご存知かもしれませんが、BasepairはChIP-seq解析のための非常に人気のあるツールを多数提供しており、FASTQファイルをシームレスに有意義な結果へと導きます。約1時間で、トリミング、アライメントから、ピ […] -
TechBlog
GATKパイプラインで塩基品質スコア再キャリブレーション（Base quality score recalibration、BQSR）を行う必要がありますか？既知部位のvcfファイルがない場合、どのように行うべきでしょうか？
(a) 残念なことに、次世代シーケンサーによって生成される品質スコアは、様々な系統的技術的エラーの原因となり、データ中の塩基の品質スコアの過大評価または過小評価につながります。これらのエラーは、シーケンス反応の物理的また […] -
TechBlog
ユーザーフレンドリーなNGS解析ソフトウェア「Basepair」による胚選択と体外受精成功率の向上
IVF（In vitro fertilization、体外受精）を専門とする先駆的な医療機器メーカーのひとつが、岐路に立たされていました。同社はすでに数十億ドル規模の機器、アッセイ、培養液のポートフォリオを有していたが、 […] -
TechBlog
数百サンプルの大規模プロジェクトに最適な完全自動アップロードオプション
Basepairには、多くのユーザーにとって理想的な使いやすいアップロードページがあります。ローカルコンピューターからアップロードしたいサンプルを選択し、サンプルのメタデータを指定し、アップロードを開始します。インターネ […] -
TechBlog
Basepairのアップロードページで複数のサンプルをシームレスに追加
FASTQファイルは単なるファイルでも、単なるデータでもありません。FASTQファイルは、実験、ライブラリー調製、シーケンスなどに費やした数え切れないほどの時間の集大成です。データを収集するのに費やした時間は、おそらくあ […] -
TechBlog
.bed、.bam、その他のファイルフォーマット
人々をバイオインフォマティクスから遠ざける要因の中で、様々な入力と出力のファイルタイプがたくさんあることが、大きな要因の一つあることは間違いません。 ngsplotを使ってヒートマップを作成するには、bamファイルが必要 […] -
TechBlog
Basepairのディファレンシャル・オルタナティヴ・スプライシング パイプラインのご紹介
このブログでは、RNA-seqにおけるオルタナティヴ・スプライシング（alternative splicing、AS）の変化を調べるためのパイプラインを紹介します。簡単な覚え書きとして、遺伝子は、どのエクソンと転写開始部 […] -
Bioinformatics
大幅にアップグレードしたシングルセルRNA-seqパイプラインのご紹介
主な特徴 この度、BasepairのシングルセルRNA-seq（scRNA-seq）パイプラインが大幅にアップデートされました。新しく機能を追加するとともに、効率性、使いやすさの面で多くの改善を行いました。 1.&nbs […]
