GSEA

BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology（GO）エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています（図1）。また、必要に応 […]

エンリッチメント解析（GSEA）はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […]

Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […]

背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […]

NGS データ分析のボトルネック 今日の次世代シーケンス (NGS) における最大のボトルネックの1つはデータ分析です。これは、すぐに利用できる大規模なコンピューティング、数千のサンプルを並行して処理するための利用可能な […]