GSEA

RNA-Seqのデータ解析は、エクセルやRと格闘したり、受注会社に依頼したりすることが多いと思います。これには、時間とコストがかかります。インタラクティブレポートを使うと、大きく時間をコストを圧縮することができます。 R […]

DESeq2パイプラインでパスウェイエンリッチメント解析を実行するとGSEAレポートが作成されます。このレポートはzipフォルダ（図1の青枠）にあります。このフォルダは「Input/output」タブ（図1の赤枠）からア […]

パスウェイ解析とは  Basepairではパスウェイ解析も行うことができます。あらかじめ定義された遺伝子や遺伝子産物の位置、遺伝子同士の相互作用などの情報を含んだモデルをもとに行うため、より生物学的な議論を行う […]

BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology（GO）エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています（図1）。また、必要に応 […]

エンリッチメント解析（GSEA）はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […]

Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […]

背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […]

NGS データ分析のボトルネック 今日の次世代シーケンス (NGS) における最大のボトルネックの1つはデータ分析です。これは、すぐに利用できる大規模なコンピューティング、数千のサンプルを並行して処理するための利用可能な […]