カバレッジと読み取り深度の違いは何ですか?？ATAC-seq データには何回の読み取りが必要ですか？

カバレッジと読み取り深度は、ライブラリがどの程度適切にシーケンスされているかを示す指標です。 視覚的には、カバレッジを水平方向に見ながら、 読み取り深度を垂直方向に見ることができます。

カバレッジ 、またはカバレッジの幅は、「シーケンスによってサンプルのどの程度がカバーされるのか?」という質問に答えます。 これは、シーケンシングリードによってカバーされる塩基のパーセンテージとして報告できます。たとえば、95% のカバー率は、サンプル内の塩基の 95% が (深さ n で) シーケンシングされたことを示します。

リード深度 、またはシーケンス深度は、特定のヌクレオチドを検出したリードの数を示します。 これは、ベースコールの信頼性を示す強力な指標となる可能性があります。 読み取り深度が低いということは、サンプル内で特定の領域が十分に表現されていないことを示している可能性もあります。 一般に、リージョン/ベースコールに 30 の読み取りマッピングがある場合、読み取り深度は 30 倍であると言えます。 リード深度として示すこともできます 平均 リード深度は、シーケンスされた塩基の総数と個々の深さを考慮して計算される 。 一般に、シーケンスが深くなるほど、より多くのリードが得られます。