ATAC-seq データの期待される重複率はどれくらいですか?

重複リードは通常、ライブラリー調製中のPCR重複の結果であり、前処理ステップでそれらのリードはマークされて削除されます。 Tn5 酵素の挿入はランダムであるため、PCRの重複はアーティファクトを表し、下流の分析に偏りをもたらす可能性があります。 低い重複率 (< 5 ～ 10%) が最適で、わずかに高い数値 (< 20 ～ 30%) もまだ許容されますが、パーセンテージが高いとサンプル調製ステップで問題が発生する可能性があります。