サンプルのリード数が異なる場合、それらのピークをまとめて呼び出すことができますか?

はい、できます。 異なるリード数を含むサンプルが複数ある場合、リード数が多いサンプルは、リード数が少ないサンプルの数と一致するように自動的に縮小されます。