ユニークなアライメント率が 20% である場合、サンプルが汚染されていることを意味しますか?

コンタミが原因の一つである可能性もありますが、他の問題である可能性もあります。

1. 種が間違っている。 データを不正確な種に合わせて調整することは、調整率が低下する非常に一般的な理由です。 サンプルをアップロードするときは、正しい種を選択したことを再確認する必要があります。 これを行うには、サンプルをクリックしてメタデータを確認します。 マウスサンプルを追加したいが、種としてヒトを選択した場合、95% 以上のリードがアライメントされていないことがわかります。

2. サンプルの品質が低い。 アライメントが低い場合は、サンプルの品質が低いことが原因である可能性もあります。 おそらく、読み取り値が短すぎるか、非常に積極的にトリミングされた可能性があります。

3. 多数の多重アラインメント読み取り。 サンプルに多重アライメントされたリードが多数含まれている可能性もあります。 サンプルに繰り返し領域が多数含まれているか、読み取り長が非常に短い可能性があります。

Basepair はアライメントのパーセンテージを提供しますが、それらのパーセンテージを解釈するのは研究者次第です。