Macs2 ピーク解析の結果表

Macs2 ピーク解析の結果表

PEAKS TABLE

  • Chrom, Start, End, Length – ゲノム座標とピークのサイズ
  • Pileup – ピーク頂上での生のカウント信号
  • Pval – ピーク有意値 ( -10 * log10 ) 
  • Qval – FDR 補正されたピーク有意性値 ( -10 * log10 ) 
  • Fold – バックグラウンドに対するシグナルの計算 
  • Annotation – 最も近い (または重複する) 遺伝子とその特徴 (TSS、エクソンなど) との関係におけるピークの位置 
  • Accession – 最も近い遺伝子の遺伝子 ID Symbol – 遺伝子シンボル/最も近い遺伝子の名前

FRiP TABLE

ピーク内のリードの割合 (FRiP) は、検出された対象領域 (ピーク) における生物学的シグナル (リード) の濃縮を定量化します。 

ENRICHMENT TABLE

データセットおよび幅広いゲノムデータベースで呼び出されるピークのエンリッチメント分析

  • Database – ピークがテストされる遺伝子セット (またはゲノム領域/要素) のソース
    • GO Biological Process – ( 遺伝子オントロジー ) 特定の生物学的プロセスに関連する遺伝子セット
    • GO Molecular Function – ( 遺伝子オントロジー ) 特定の分子機能に関連する遺伝子セット
    • GO Cellular Component – ( 遺伝子オントロジー ) 特定の細胞成分に関連付けられた遺伝子セット
    • WikiPathways – さまざまな細胞経路および機能に関連する遺伝子セット 
    • Chromsome -バンドパターンに基づいて識別された染色体の異なる領域 
    • EMBL-EBI-Pfam – マルチ配列アライメントによって同定されたタンパク質ファミリー データベース (現在は InterPro) 
    • Gene3D – タンパク質ドメインデータベース、スーパーファミリーレベルでの分類
    • Interactions – 特定のタンパク質と相互作用することが知られている遺伝子セット。NIH を通じて入手可能 
    • InterPro – タンパク質ファミリーとその機能のデータベース
    •  miRNA – mirDB の miRNA ターゲット データベース
    • MSIGDB – さまざまな分子および細胞機能に関連する遺伝子セット
    • PRINTS – ドメイン保存に基づくタンパク質ファミリーの「フィンガープリント」データベース (現在は InterPro の一部) 
    • Prosite – タンパク質ファミリー、ドメイン、機能部位のデータベース
    • SMART -タンパク質ドメインデータベース
  • TermID – データベースから取得したこの遺伝子セットの一意の識別子 
  • Term –  遺伝子セットの名前 
  • Enrichment logP – 遺伝子セットの濃縮の対数スケールの有意性 (p 値) 
  • Genes in Term – この遺伝子セット内の遺伝子の総数 
  • Target Genes in Term – データセットとこの遺伝子セット間で共有される遺伝子の数 
  • Total Target Genes – データセット内の遺伝子の総数 
  • Total Genes in Database – 遺伝子セット データベース内の遺伝子の総数 
  • Fraction of Targets in Term – データセットとこの遺伝子セットの間で共有される遺伝子を、データセット内の遺伝子の総数のパーセントとして示します。 Targets as Fraction of Genes – データセットとこの遺伝子セット間で共有される遺伝子を、遺伝子セット内の遺伝子数のパーセントとして表示します。

MOTIFS TABLE

エンリッチされたモチーフとそれらに結合することが知られている転写因子