DNA-Seqの結果

DNA-Seqの結果

  • Sample.trimmed.per-base-quality.png:fastqデータの基本品質 
  • Sample.trimmed_fastqc.zip:すべてのQC結果 
  • Sample.genome.bam [.bai]:アライメントされたbamファイル
  • Sample.genome.dedup.bam [.bai]:アライメントされ重複排除されたbamファイル、重複した読み取りを削除
  • Sample.genome.dedup.coverage-plot.png:対象領域のカバレッジを表示します。

バリアント呼び出しワークフロー

バリアント呼び出しワークフローは、アライメント ステップで準備された bam ファイルを使用してバリアントを呼び出し、アノテーションを付けます。 

  • Sample.genome.variants.vcf:VCF形式のすべてのバリアント情報 
  • Sample.genome.variants.marked.vcf:dbSNPをマークします
  • Sample.genome.variants.marked.annotated.vcf:影響を受ける遺伝子、アミノ酸の変化などを示すアノテーションを追加します。