エンリッチされたGSEAプロットとエンリッチされていないGSEAプロットの違いはどのようにして見分けることができますか?

現在、GSEAプロットは Basepair レポートに直接表示されません。GSEAプロットにアクセスするには、differential expressionレポートの上部にある [Info] タブに移動する必要があります -> GSEA.zip ファイルをクリックして、すべての GSEA プロットを含むフォルダーをダウンロード -> フォルダーを解凍して開きます。 GSEAプロットが含まれています。

パスウェイが強化されると、GSEAプロットに 2 つのことが表示されます。

1. 黒いバー: パスウェイ内にある黒いバーである遺伝子は、図の一番左または一番右に集中する傾向があります。 つまり、一番左にある場合はグループ1がエンリッチされ、一番右にある場合はグループ2がエンリッチされます。
2. 緑の線: 強化スコアを示す緑の線を見てください。 グループ1がエンリッチされている場合、この緑色の線のピークが左側にあることがわかります。 しかし、他のグループでそれが濃縮されている場合、この緑の線のピークは右側になります。

これは、これらのプロットで視覚的に期待できることです。 しかし、もちろん、注目すべき最も重要なことは、FDR q値や p値などの統計です。