Wald検定と尤度比検定(LRT)の違いは何ですか? どちらが好ましいですか?

発現差解析でサンプルのWald 検定は、 2つのグループを比較するためにデフォルトで使用されるものです。

LRTは、 3つ以上のグループを サンプル 比較する場合に推奨される方法です。 たとえば、サンプルのグループが3つあり、いずれかのグループ間で遺伝子の発現が変化するかどうかを確認したいとします。尤度比検定を使用すると、比較が 1 つだけ行われるため、複数の仮説検定の問題が少なくなり、統計的にはより強力な分析になります。

代わりに3つのサンプルグループに対してWald検定を実行する場合は、3つの別々のテストを実行して、各グループを他の2つのグループと比較する必要があります。これは3つの別々の分析となり、複数の仮説の問題が生じる可能性があります。 これらの問題を回避するには、サンプルのグループが3つ以上ある実験設定で尤度比検定を実行することをお勧めします。で好みの方法を設定できます。 発現解析 (DESeq2、2 つのグループの比較) パイプライン 新しい分析を実行するときは、[Change Default Options] -> [Deseq] の下にある