GSEA 分析で一連の遺伝子が正の相関関係にある場合と負の相関関係にある場合、それは何を意味しますか?正の相関があるということは、それらの遺伝子がサンプル中で上方制御されていることを意味しますか?

その通りです。 正と負の相関とは、グループ内で一連の遺伝子が濃縮されているか、上方制御されているかを指します。 経路がグループと正の相関がある場合、その経路のほとんどの遺伝子もグループと正の相関があることを意味します。

処理群と未処理群があり、以下の結果表が表示されるとします。

「Dox」をクリックすると、処理群と正の相関がある経路が表示され、「Untreated」をクリックすると、未処理群（コントロール）と正の相関がある経路が表示されます。