Cellrangerバーコード分析用の参照CSV ファイルを作成する方法

feature reference CSV は –feature-ref フラグを使用して cellranger count に渡され、実験で使用されるFeature Barcode reagentsのセットを宣言します。

このファイルは、使用される固有のFeature Barcodeごとに、フィーチャー名と識別子、この試薬に関連付けられた固有のFeature barcodeシーケンス、および読み取りシーケンスからFeature barcodeシーケンスを抽出する方法を示すパターンを宣言します。

Feature reference CSV ファイルの必須列

列名	説明
ID	この機能の一意の ID。空白文字、引用符、カンマ文字を含めることはできません。各 ID は一意である必要があり、トランスクリプトームの遺伝子識別子と競合してはなりません。
name	この機能の人間が判読できる名前。空白を含めることはできません。この名前はルーペブラウザに表示されます。
read	どの RNA シーケンスリードにフィーチャーバーコードシーケンスが含まれるかを指定します。 R1 または R2 である必要があります。注: ほとんどの場合、R2 が正しい読み取り値です。
pattern	読み取りからフィーチャバーコードシーケンスを抽出する方法を指定します。詳細については、以下の「バーコード抽出パターン」セクションを参照してください。
sequence	この機能に関連付けられたヌクレオチドバーコードシーケンス。例: 抗体バーコードまたは sgRNA プロトスペーサー配列。

例: 抗体キャプチャバーコードの有効なFeature reference CSV ファイルは、次の表のようになります。