クラウドNGSデータ解析プラットフォーム
生データをアップロードして解析メニューを選択するだけのNGS（次世代シーケンサー）データ解析です。fastqなどがあれば、RNA-SeqでのDEGやシングルセルRNA-Seqのクラスター解析まで一気に完了します。インタラクティブなプロットやテーブルを使って、遺伝子の絞り込みも可能。解析結果は、PNG、SVGやCSVでダウンロード可能。
RNA-Seq、シングルセルRNA-SeqやChIP-Seq、ATAC-Seq、WGS、WESなど主要なアプリケーションに対応しています。
グラフィカルなNGSデータ解析
RNA-SeqやWGSなどから、ChIP-SeqやシングルセルRNA-Seqまで幅広く対応しています。アプリケーションに適したプロットも自動的に生成されます。生データをアップロードして、解析項目を選択するだけで、DEG（発現変動解析）などまで自動的に完了します。パイプラインを繋ぎ合わせてワークフローを構築したり、ファイル形式を気にしたりする必要はありません。
RNA-Seqでよく使われるボルケーノプロットや、シングルセルRNA-Seqで使われるクラスタリング（t-SNE、UMAP、PCA）や、ゲノムブラウザも組込済みです。
生成されるプロットの多くはインタラクティブに操作が可能です。絞り込みや特定の遺伝子のラベルなどブラウザ上で操作が可能です。得られたプロットやテーブルはpng、svg、あるいはCSVなどでダウンロード可能です。
解析パイプラインは、STARやseuratなど実績のあるものを採用しており、Basepairで解析された結果はすでに論文にも掲載されています。
※ 用意されていない解析フローや可視化もご相談ください。
わかりやすい料金体系
従量課金：PAYG（Pay-As-You-Go）
使う分だけ先にアクセスキーをご購入いただく従量課金モデルです。サンプルタイプと数に応じて金額を設定しています。sクレジットカードの登録や初期費用なども不要で、解析への追加料金は発生しません。サンプルタイプとサンプル数をお知らせいただけれれば、お見積をお送りします。ご発注後にアクセスキーをお送りしますので、アクティベート後利用可能になります。
年間ライセンス
年間使用量が多い場合やカスタマイズが必要な場合は、年間ライセンスをご検討ください。年間ライセンスでは、たとえば以下のようなカスタマイズも可能になります。
- 自社のクラウドと接続
- 自社の独自パイプラインの組込
- 独自のレポートを作成
いずれもクレジットカードは不要です。見積・納品・請求書にて対応しています。
自動化もセキュリティも
API・CLIによるコントロール
大量サンプルを取り扱う場合、GUIはかえって煩雑になります。Basepairは、CLI、REST、および Python API を使用してワークフローを操作および自動化し、上流および下流のサードパーティ アプリケーション (機器、LIMS、データ レイクなど) と統合も可能です。たとえば、Macであればterminalからサンプルのアップロード、解析実施、結果のダウンロードなどを行うことができます。
セキュリティ
データ転送、解析中、保管中は暗号化されています。HIPAAおよび GDPRの仕様を満たすか、それを超えるように設計されており、米国食品医薬品局 （FDA）によって施行されるGxP規制にも準拠しています。
また、すべてのユーザー、データのアクティビティを監視（モニター）、記録（ロギング）しています。年間ライセンスでは、自社のクラウドと統合することで、制御と監視を自社でコントロールすることができます。
Case Study
