hideki 場合によっては、一般的なNGS分析パイプラインでは十分ではなく、チームがカスタムソリューションを必要とすることがあります。
EpiCypherは、エピジェネティック生物学およびクロマチン生物学の最先端技術を開発するバイオテクノロジー企業です。社内チームと顧客向けに構築された特殊なパイプラインを必要としていました。
EpiCypher は、他のスタートアップやクラウドベースのコンピューティング企業との提携、NGSサービスプロバイダーとの連携、自社のバイオインフォマティシャンの雇用など、SNAP-ChIP®分析のためのバイオインフォマティクスのサポートを求める際に複数の選択肢を検討しました。 堅牢でありながら使いやすいソリューションを作成するために、最終的にはBasepairを選択しました。
私たちは、Basepairが最も有能で機敏で、一緒に仕事をするのに最適な全体的なチームであると判断しました。 ユーザーフレンドリーなパイプライン、分析ワークフローをカスタマイズするオプション、カスタムポータルの構築、および迅速なクラウドベースのコンピューティングはすべて、私たちにとって簡単な決定を下す要因でした。
– Martis Cowles博士、EpiCypher 最高ビジネス責任者
SNAP-ChIP®用のカスタムパイプライン
EpiCypherの主力製品である SNAP-ChIP®は、ChIP-Seqアッセイ用の次世代スパイクインコントロールであり、抗体パフォーマンスのモニタリングと定量的サンプル正規化のために構築されています。
SNAP-ChIP®は、エピジェネティクス分野で最も広く使用されているアッセイの1つに対して非常に重要なコントロールを提供しますが、この技術は特殊な分析を必要とするChIP-seqアッセイの定量化にDNAバーコード付き組換えヌクレオソームを使用することに重点を置いています。
他の多くのNGSアッセイと同様に問題は複数ありますが、ボトルネックはデータ分析です。 EpiCypherはBasepairと提携して、カスタムの「ワンクリック」分析ソリューションを開発しました。 これにより、社内にバイオインフォマティクスのリソースを持たない企業である EpiCypherは、アッセイ開発を即座に加速することができました。
EpiCypher はボタンをクリックするだけでSNAP-ChIP分析を実行できるだけでなく、顧客も同様のことを実行できるようになりました。 また、すべての処理とストレージはBasepairのクラウドサーバーでホストされているため、EpiCypherは負荷の高いNGS分析タスクのために追加のインフラストラクチャを構築する必要がありません。
Basepairがなければ、社内にバイオインフォマティクス チームを構築する必要がありましたが、それには費用と時間がかかりました。 彼らとの最初の電話で、私たちはBasepairの科学者の専門知識に感銘を受けました。 彼らは課題をよく理解しており、プロジェクトをスムーズに計画し、実行しました。
–Martis Cowles博士、EpiCypher 最高ビジネス責任者
カスタムパイプラインの構築
Basepairは、EpiCypherのビジネスに対して2つのフェーズでパイプラインを構築しました。
1) まず、Basepairは、EpiCypher の科学者と緊密に連携して、SNAP-ChIP データに適した分析パイプラインを作成しました。 結果はEpiCypherの研究チームによって検証および承認されました。
2) その後、Basepairは自動化されたSaaSプラットフォームでカスタムパイプラインを利用できるようにしました。 SNAP-ChIPを使用している顧客は、シンプルで使いやすいUIを使用して、独自のプロジェクトにパイプラインを使用できるようになります。
Basepairが開発した自動パイプラインにより、私たちの研究開発の取り組みが加速しました。 この「ワンクリック」ソリューションは実装が簡単で、私たちのチームは SNAP-ChIP-seqデータを迅速に分析できるようになりました。 さらに、Basepairチームのバイオインフォマティクスの専門家は、トラブルシューティング、カスタマイズ、専門家のフィードバックにすぐに対応できます。 これは、クラス最高のヒストン PTM抗体を同定するという私たちの取り組みのペースと質を向上させるのに本当に役立ちました。
– Andrea Johnstone氏、EpiCypher 製品開発担当ディレクター
あなたのビジネスに合わせたカスタムソリューション
カスタムソリューションが必要になる場合があります。 バイオインフォマティシャンや開発者を雇用してカスタマイズされたデータ分析パイプラインを構築することは、短期的にはチームの助けになります。 しかし、長期的には、カスタム パイプラインを維持するには、新規採用と継続的なバージョン管理が必要になります。
Basepairを使用すると、あなたとあなたのクライアントにとって作業が簡単になります。 経験豊富なバイオインフォマティシャンや開発者のチームと協力して、Basepairの自動オンライン プラットフォームでホストされる、査読済みの研究と業界のベストプラクティスに基づいて構築された気密性の高いパイプラインを作成します。
当社のチームがあらゆる更新と改善を処理するため、社内ソリューションを維持するために新しい派遣社員を雇用することなく、結果に集中し続けることができます。
今すぐお問い合わせいただき、Basepairのチームとの通話を設定し、カスタムNGSデータ分析のニーズについて検討してください。
この記事は「How EpiCypher Accelerated Assay Development with Basepair’s Custom NGS Analysis Solutions」を翻訳・編集したものです。
6サンプル フリートライアル 実施中
最大6つのサンプルを無料でアップロードして分析できます。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限です。世界トップクラスの機関、研究室、製薬チームがBasepairを使用して、数千ドルを節約している理由をご覧ください。