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BasepairのGene fusion finding (deFuse) パイプライン
deFuseパイプラインは遺伝子融合を検出するために使用されます。このパイプラインはまずリードをリファレンスゲノムにアライメントします。次に、融合している可能性のある遺伝子を検索します。最後にフィルタリングを行い、偽陽性 […] -
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Basepair でのDNA-seq QC, Alignment (BWA) パイプライン
このパイプラインではDNA-seqのFASTQデータの前処理を行います。まず、品質評価と低品質データのトリミング、そしてアライメントを行います。次に重複リードを除去します。最後にゲノムカバレッジを計算します。 パイプライ […] -
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BasepairでのCuffdiffパイプライン
Cuffdiffパイプラインは、サンプルグループ間のアイソフォームレベルの発現変動解析を実行するために使用されます。Cuffdiff パイプラインが実行されると、最初に Expression coun […] -
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BasepairでのCufflinksパイプライン
Cufflinksパイプラインを実行すると、最初にExpression count (STAR)パイプラインが自動的に実行されます。このCufflinksパイプラインは、STARパイプラインでアラインメントされたリードを […] -
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BasepairでのATAC-seq Peaks, Motif (MACS2)パイプライン
このパイプラインを実行すると、最初に「ATAC-seq alignment (Bowtie2)」パイプラインが自動的に実行されます。その次に実行されるMACS2パイプラインでは、「ATAC-seq alignment ( […]
