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BasepairでのDe-novo assembly (Trinity)パイプライン
De-novo assembly（Trinity）パイプラインは、リファレンスゲノムなしで全長の転写産物を再構築するために使用されます。このパイプラインでは、まず品質管理と低品質リードのトリミングを行います。次に、短いR […] -
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fastpによる品質評価と前処理のアウトプットファイル
アウトプットファイルは、FASTQファイルの品質評価と前処理から生成されます。これらのアウトプットファイルは、各解析の「Input/output」タブ内にあり（図1の赤枠）、特に論文発表や下流の解析に役立ちます。 図1. […] -
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Basepair上での解析のためのGEOデータセットの容易な取得
はじめに 多くの研究者が、Gene Expression Omnibus (GEO)データベースで、興味のある研究に関連する特定のデータセットを検索しています。このデータセットは、多くの種類の二次研究や、開発・評価手法に […] -
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BasepairでのIntegrative genomics viewerの使用
Basepairの各解析レポートには、生データを可視化できるゲノムブラウザ（Integrative genomics viewer、IGV）が含まれています。 ゲノムブラウザへのアクセス 1) 解析レポートにア […]
