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ChIP-seqデータのパスウェイエンリッチメント解析
すでにご存知かもしれませんが、BasepairはChIP-seq解析のための非常に人気のあるツールを多数提供しており、FASTQファイルをシームレスに有意義な結果へと導きます。約1時間で、トリミング、アライメントから、ピ […] -
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GATKパイプラインで塩基品質スコア再キャリブレーション(Base quality score recalibration、BQSR)を行う必要がありますか?既知部位のvcfファイルがない場合、どのように行うべきでしょうか?
(a) 残念なことに、次世代シーケンサーによって生成される品質スコアは、様々な系統的技術的エラーの原因となり、データ中の塩基の品質スコアの過大評価または過小評価につながります。これらのエラーは、シーケンス反応の物理的また […] -
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ユーザーフレンドリーなNGS解析ソフトウェア「Basepair」による胚選択と体外受精成功率の向上
IVF(In vitro fertilization、体外受精)を専門とする先駆的な医療機器メーカーのひとつが、岐路に立たされていました。同社はすでに数十億ドル規模の機器、アッセイ、培養液のポートフォリオを有していたが、 […] -
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数百サンプルの大規模プロジェクトに最適な完全自動アップロードオプション
Basepairには、多くのユーザーにとって理想的な使いやすいアップロードページがあります。ローカルコンピューターからアップロードしたいサンプルを選択し、サンプルのメタデータを指定し、アップロードを開始します。インターネ […] -
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Basepairのアップロードページで複数のサンプルをシームレスに追加
FASTQファイルは単なるファイルでも、単なるデータでもありません。FASTQファイルは、実験、ライブラリー調製、シーケンスなどに費やした数え切れないほどの時間の集大成です。データを収集するのに費やした時間は、おそらくあ […] -
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.bed、.bam、その他のファイルフォーマット
人々をバイオインフォマティクスから遠ざける要因の中で、様々な入力と出力のファイルタイプがたくさんあることが、大きな要因の一つあることは間違いません。 ngsplotを使ってヒートマップを作成するには、bamファイルが必要 […] -
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Basepairのディファレンシャル・オルタナティヴ・スプライシング パイプラインのご紹介
このブログでは、RNA-seqにおけるオルタナティヴ・スプライシング(alternative splicing、AS)の変化を調べるためのパイプラインを紹介します。簡単な覚え書きとして、遺伝子は、どのエクソンと転写開始部 […] -
Bioinformatics
大幅にアップグレードしたシングルセルRNA-seqパイプラインのご紹介
主な特徴 この度、BasepairのシングルセルRNA-seq(scRNA-seq)パイプラインが大幅にアップデートされました。新しく機能を追加するとともに、効率性、使いやすさの面で多くの改善を行いました。 1.&nbs […] -
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Basepairを使う前と後
Basepairのバイオインフォマティシャンと開発者チームは、Basepairを始めるまで15年以上NGSデータ解析に携わってきました。昔ながらの手作業によるNGSデータ解析の時代には、楽しいこともありましたが…フラ […] -
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再現性と監査のためのNGSデータの準備
監査はおそらくNGSデータ解析の最も恐ろしい側面であり、妖怪のようなものとも言えるかもしれません。それらは様々な形であなたを悩ませます。 数年前に取った結果を論文にする必要があるかもしれません。当時使用したオープンソース […]