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Bioinformatics
KEGGパスウェイ解析
BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology（GO）エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています（図1）。また、必要に応 […] -
Bioinformatics
シングルセルのマーカー遺伝子の同定
背景 シングルセル解析では多くの場合、クラスタリング解析を行います。そこでは、クラスター内のマーカー遺伝子を同定することが重要です。これにより、サンプル内の各クラスターの細胞種を特定することができます。 Seuratによ […] -
Bioinformatics
Basepair上でエンリッチメント解析 (GSEA/Gene set enrichment analysis)
エンリッチメント解析（GSEA）はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […] -
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BasepairでのGEOデータのインポート
はじめに 多くの研究者がGEO（Gene Expression Omnibus）からインポートされたデータを用いて、様々な解析や検討を行っています。しかしながら、関連するメタデータなどを抽出し処理することは、手間のかかる […] -
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バイオインフォマティクスの隠れた限界
問題 バイオインフォマティクスは頭打ちに達しています。 Illuminaの最新のシーケンサーや、Element Biosciences、Complete Genomicsなどの新しい機器メーカーによって世界中の研究室で生 […] -
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細胞・遺伝子治療におけるNGSの利用
はじめに 細胞治療や遺伝子治療は、様々な疾患の治療法として有望視されています。これらの革新的な治療法では、細胞や遺伝子を操作してその機能を回復または、増強します。次世代シーケンシング（Next genera […] -
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Basepairの自動化された監査証跡によるデータ実証性の達成
監査がうまくいかないとき あなたのゲノミクス・チームは、使用しているオープンソース・ツールを追跡していますか？ソフトウェアのバージョン番号や設定されているパラメータはどうなっていますか？ゲノム参照ファイル、使用ログ、バイ […] -
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NGSデータにおけるバリアントコーリングと解析の概要
はじめに 近年、次世代シーケンシング（Next generation sequencing、NGS）技術はゲノミクスの分野に革命をもたらし、研究者は生物のゲノムをかつてないスピードと精度で研究できるようになりました。しか […] -
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AWS での NGS データ分析の操作: シーケンシングを初めて行うライフ サイエンス組織のための重要な考慮事項
はじめに 新しいシーケンス機器への投資おめでとうございます! あなたはゲノミクスの広大な世界に隠された秘密を解き明かす鍵を握っています。 しかし、この取り組みはデータ生成で終わるわけではありません。 そこから始 […] -
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ChIP-seqデータのパスウェイエンリッチメント解析
すでにご存知かもしれませんが、BasepairはChIP-seq解析のための非常に人気のあるツールを多数提供しており、FASTQファイルをシームレスに有意義な結果へと導きます。約1時間で、トリミング、アライメントから、ピ […]
