Bioinformatics

BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology（GO）エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています（図1）。また、必要に応 […]

背景 シングルセル解析では多くの場合、クラスタリング解析を行います。そこでは、クラスター内のマーカー遺伝子を同定することが重要です。これにより、サンプル内の各クラスターの細胞種を特定することができます。 Seuratによ […]

エンリッチメント解析（GSEA）はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […]

主な特徴 この度、BasepairのシングルセルRNA-seq（scRNA-seq）パイプラインが大幅にアップデートされました。新しく機能を追加するとともに、効率性、使いやすさの面で多くの改善を行いました。 1.&nbs […]

アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます（シーケンシングの技術的背景 […]

ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […]