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Bioinformatics
シングルセルのマーカー遺伝子の同定
背景 シングルセル解析では多くの場合、クラスタリング解析を行います。そこでは、クラスター内のマーカー遺伝子を同定することが重要です。これにより、サンプル内の各クラスターの細胞種を特定することができます。 Seuratによ […] -
Bioinformatics
大幅にアップグレードしたシングルセルRNA-seqパイプラインのご紹介
主な特徴 この度、BasepairのシングルセルRNA-seq(scRNA-seq)パイプラインが大幅にアップデートされました。新しく機能を追加するとともに、効率性、使いやすさの面で多くの改善を行いました。 1.&nbs […] -
Bioinformatics
RNA-Seqデータのトリミング
アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます(シーケンシングの技術的背景 […] -
Bioinformatics
ATAC-Seq解析とパイプラインの概要
ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […]