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監査はおそらくNGSデータ解析の最も恐ろしい側面であり、妖怪のようなものとも言えるかもしれません。それらは様々な形であなたを悩ませます。 数年前に取った結果を論文にする必要があるかもしれません。当時使用したオープンソース […]

アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます（シーケンシングの技術的背景 […]

背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […]

NGSアライメントツールの性能は継続的に向上していますが、アライメントデータをソートするのにアライメントよりも多くの時間を要するようになりました。最近、SAMtoolsバージョン1.xでソートの並列処理がサポートされ、ソ […]

Basepairは2008年に設立されました。BasepairのCEOであるAmit Sinhaが、ハーバード大学医学部やその他の研究機関に勤務していた際に、次世代シーケンス（NGS）解析の際に彼が個人的に直面していた課 […]

バイオインフォマティシャンにとって時間はすべてです。活発な研究開発グループが分析が必要な新しいデータセットを常に作成しているため、その要求に応え続けることは困難な戦いです。バイオインフォマティクス部門のアソシエートディレ […]

ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […]

生物医学エンジニアのRachael Putmanさんは昨年学士号を取得したが、それでもこの若い科学者はイェール大学のグレイザー研究所の一員として最先端の研究を追求することを止めなかった。 Putman氏の研究は、マウス胚 […]

学術研究者として、私たちは次世代シーケンス (NGS) データの分析が複雑で時間がかかる可能性があることを知っています。 NGSデータの品質は下流の分析の精度に直接影響するため、最初から高品質のデータを確実に生成すること […]

Memorial Sloan Kettering Cancer Center（メモリアル・スローン・ケタリングがんセンター、MSKCC）のDr. Omar Abdel-Wahabが、ASXL2（AML1-ETO融合腫瘍タ […]