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TechBlog
Basepairを使う前と後
Basepairのバイオインフォマティシャンと開発者チームは、Basepairを始めるまで15年以上NGSデータ解析に携わってきました。昔ながらの手作業によるNGSデータ解析の時代には、楽しいこともありましたが…フラ […] -
TechBlog
再現性と監査のためのNGSデータの準備
監査はおそらくNGSデータ解析の最も恐ろしい側面であり、妖怪のようなものとも言えるかもしれません。それらは様々な形であなたを悩ませます。 数年前に取った結果を論文にする必要があるかもしれません。当時使用したオープンソース […] -
Bioinformatics
RNA-Seqデータのトリミング
アダプターや低品質塩基のトリミングは、シーケンスデータの解析パイプラインの重要な部分です。通常、RNAサンプルを分離して断片化した後、シーケンシングに必要な配列の末端にアダプターが付加されます（シーケンシングの技術的背景 […] -
TechBlog
非ヒト種のパスウェイエンリッチメントの実施
背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […] -
TechBlog
SAMtoolsとSambambaの比較： どちらのツールがBAMファイルをより速くソートできる？
NGSアライメントツールの性能は継続的に向上していますが、アライメントデータをソートするのにアライメントよりも多くの時間を要するようになりました。最近、SAMtoolsバージョン1.xでソートの並列処理がサポートされ、ソ […] -
TechBlog
Basepairの誕生秘話
Basepairは2008年に設立されました。BasepairのCEOであるAmit Sinhaが、ハーバード大学医学部やその他の研究機関に勤務していた際に、次世代シーケンス（NGS）解析の際に彼が個人的に直面していた課 […] -
CaseStudy
Nkarta Therapeutics：バイオインフォマティシャンにスーパーパワーを
バイオインフォマティシャンにとって時間はすべてです。活発な研究開発グループが分析が必要な新しいデータセットを常に作成しているため、その要求に応え続けることは困難な戦いです。バイオインフォマティクス部門のアソシエートディレ […] -
Bioinformatics
ATAC-Seq解析とパイプラインの概要
ATAC-seq解析 Assay for Transposase-Accessible Chromatin (一般的に ATAC-seq と呼ばれます) は、トランスポザーゼに依存してゲノム レベルでクロマチンのアクセス […] -
CaseStudy
Yale 大学：シーケンスコアよりも高速 〜Basepairを使用してカスタムNGSパネルで150サンプルを分析した方法〜
生物医学エンジニアのRachael Putmanさんは昨年学士号を取得したが、それでもこの若い科学者はイェール大学のグレイザー研究所の一員として最先端の研究を追求することを止めなかった。 Putman氏の研究は、マウス胚 […] -
Announcements
プレスリリース: バイオサイエンスとベースペアをスケールして単一細胞シーケンシングデータ解析を民主化
著 ローハン シャルマ | 2023 年 8 月 21 日 | ニュース 2023 年 8 月 21 日 09:00 AM 東部夏時間 サンディエゴ – 単一細胞シーケンシング技術のパイオニアである Scale Bios […]
