スパイクインコントロールクロマチンを含めることができない場合、濃縮度やリード数が異なる 2 つ以上のサンプルを正規化する最良の方法は何ですか?

スパイクインとは、すべてのサンプルに追加される一定量のDNAのことです。 これにより、サンプル間のより定量的な比較が可能になり、サンプル間のピークとシグナルの全体的な変化を見つけることができます。 スパイクインがあり、各信号の全体的な変化を検出したい場合、最良の方法は、スパイクインを発生させることです。

ただし、エンリッチメントにおけるさまざまなタイプのプルダウン効率を測定するという観点からは、FRiP スコアを確認することが 1 つの方法です。 FRiP スコアで測定されるものの 1 つは IP 効率です。FRiP スコアを調べると、一部のサンプルの効率が他のサンプルよりもはるかに高いかどうかを確認できます。

また、Basepair がピークコールに使用するツールであるMACS2ソフトウェアは、サンプル内のリードの合計数を調べ、独自の内部正規化を行ってサンプル間のピークを適切に検出することにも留意してください。 サンプルをシーケンスするときにリード数が異なることはよくあることなので、ほとんどのツールはデフォルトでこれを考慮します。