Error ID 14 – no variants found

Error ID 14 – no variants found

エラーの説明

分析でバリアントが見つからなかったために、このエラーが発生します。 これにはさまざまな原因が考えられます: (1) 実際にはサンプルにバリアントが含まれていない、(2) 使用しているパラメーターが厳しすぎる、または (3) サンプルの品質に問題がある可能性があります。 以下に、検討できる可能性のある解決策をいくつか示します。

ソリューション

解決策 1 – それほど厳密ではないパラメータを使用する

分析を設定するときに、「デフォルト オプションの変更」セクションでパラメータを変更できます。 考慮すべきパラメータをいくつか示します。

  1. バリアントを呼び出すための最小カバレッジの深さ。
  2. 最低限の基本品質とマッピング品質。 ただし、これらを 10 より低い値に設定することはお勧めしません。

Basepair は適切なデフォルト パラメータを使用しようとしますが、それらはすべてのサンプルで機能するわけではありません。 バリアント呼び出しパラメーターを最適化する方法は、サンプル収集方法 (急速冷凍かホルマリン固定かなど)、組織の種類、シーケンス装置の種類など、多くのことに依存します。

解決策 2 – サンプルの品質をチェックアウトする

私たちの最初の提案は、サンプルのアライメント結果を確認することです。 以下の点を確認してください。

  • シーケンシングリードのほとんどの塩基の品質は 30 を超えるはずです。
  • ほとんどの読み取りは一意にアライメントされている必要があります。
  • 平均のカバレッジの深さは、サンプルのシーケンス方法を構成するときに指定した値に近い必要があります。

解決策 3 – お問い合わせください

次のいずれかでご連絡ください。