Basepair Bioinformatics へようこそ。Basepairは、ウェットラボの科学者とバイオインフォマティシャンのコラボレーションを促進し、次世代シーケンシング (NGS) データの分析を合理化するために設計された頼りになるプラットフォームです。私たちは、多忙なバイオインフォマティシャンによる日常的な分析のサポートを待っている研究開発チームが直面している課題を理解しています。

Basepair は、ウェット ラボの科学者が安全な環境で独自にゲノムデータを分析できるようにする革新的なソリューションを提供します。これにより、発見が加速され、バイオインフォマティシャンがより貴重な下流のデータマイニング活動に集中できるようになります。

グラフィカルユーザーインターフェイスにより、データ分析の力が直接手に入るため、コーディングを必要とせずにゲノム実験から貴重な洞察を得ることができます。 興味深い関係や観察が明らかになったら、データ、分析、結果をバイオインフォマティクス チームと簡単に共有して、情報に基づいた議論を展開することができます。

組織全体をサポートするバイオインフォマティシャンの小規模チームとして、Basepair を使用してベンチサイエンティストに日常的な分析を展開し、彼ら自身がデータを探索できるようにすることで、時間の約 25% が解放され、より価値のあるデータ マイニング タスクに集中できるようになりました。 さらに、ベンチサイエンティストは、小さな反復的なタスクに取り組むよう依頼するのではなく、十分な情報に基づいた質問を持って私のチームにやってくるようになり、研究開発チーム間のコラボレーションが向上しています。

Sombeet Sahu
Associate Director, Bioinformatics at
Nkarta Therapeutics

バイオロジストによるバイオロジストのための設計

NGS分析用の従来の商用ソフトウェア製品には、非常に機能的なグラフィカル ユーザー インターフェイスが付属していることが多く、使用方法を習得するには数日間のトレーニング コースが必要です。 一方、Basepairの直感的なポイント&クリック インターフェイスは、生物学者によって生物学者のために設計されており、独自のデータの分析を開始するには、せいぜい 1 ～ 2 時間のトレーニングで十分です。

インフォマティシャンとして最も価値のあるタスクに集中する

日常のルーチン解析を行うことで時間を浪費する必要はもうありません。承認されたパイプラインをBasepairにデプロイすれば、より多くの同僚が自分でパイプラインを実行できるようになります。あるいは、Basepairの強力なコマンド ライン インターフェイス (CLI) と API を使用してタスクを自動化し、貴重なデータマイニングアクティビティのためにサードパーティアプリケーションと統合することもできます。そうすることで、バイオインフォマティシャンとして、より価値のある深い洞察のために時間を使うことができるようになります。

見た目はシンプルだけどパワフル

Basepair のポイント アンド クリック GUI の見た目に騙されないでください。 インターフェースが過度に混雑していて使いにくいと思われないように、インターフェースを通じてどれだけの機能を公開するかを知るのは、常にバランスのとれた作業です。 私たちは、ベンチサイエンティストが日常的な分析を実行できるように、インターフェイスを通じて重要な機能のみを公開することを早い段階で決定しました。 しかし、これはバイオインフォマティシャンが好む仕事のやり方ではないことを私たちは認識しています。 Basepairには、強力な CLI と API が装備されています。これによりプラットフォーム内でアクセス可能な他のすべてのもの (機能やメタデータなど) にプログラムで簡単にアクセスでき、わずか数行のコードで多くのコマンドを実行できるようになります。 どこにでも好きなようにワークフローを構築し、Docker を通じてコン​​テナ化して Basepair にデプロイするだけです。 あるいは、プラットフォーム上で直接 Nextflow および WDL ワークフローのネイティブ実行もサポートしています。

確実なスケールアップも

最良の製品の選択は、将来を念頭に置いて行われます。 残念ながら、HiSeqの発売前後に登場した従来の第 1 世代 NGSプラットフォームは、現在収集されているサンプル量に合わせて拡張するように設計されていませんでした。 Basepairは、拡張可能なデータベース アーキテクチャに基づいて構築されただけでなく、数百万のレコードの処理を念頭に置いて実装されています。

お支払いは使用した分だけ

どのくらいの量の処理を行うかを事前に予測することは非常に困難です。前払いのライセンス料がかからないサンプルごとの従量課金制の価格モデルは、将来のプロジェクトのニーズが不確実である場合に最適です。Basepairでは、実際に使用した分に対してのみお支払いいただく必要があると考えています。 一方で、サンプル量が予測可能な場合は、柔軟な年間ライセンスもご用意しています。実際のサンプル量が増加した場合でも、年の途中で調整する必要はありません。

バイオインフォマティクスのジャンプスタート

Basepairでは、お客様のデータを最大限に活用できるよう支援することに専念しています。効率的かつコスト効率よく科学的および診断的洞察を得るお手伝いをいたします。経験豊富なバイオインフォマティシャンとエンジニアからなるBasepairのチームは、ワークフローの開発と最適化、カスタム分析、ホワイトラベルのポータルの作成を支援します。 （ホワイトラベルでは、自社ブランドのポータルとして構築しご提供します。）