BasepairでのIntegrative genomics viewerの使用

Basepairの各解析レポートには、生データを可視化できるゲノムブラウザ（Integrative genomics viewer、IGV）が含まれています。

ゲノムブラウザへのアクセス

1) 解析レポートにアクセスしてください。

2) 「Report」タブをクリックしてください。

3) 「Genome browser」セクションをクリックしてください。

ATAC-seqデータを表示するIGVの例を以下に示します。Basepair上のIGVには以下の主要な特徴があります。

#	特徴	説明
1	ゲノム	現在設定されているリファレンスゲノムを表示
2	染色体	どの染色体のデータを表示するか、プルダウンで選択できる
3	領域検索ボックス	表示されているデータの座標を表示。遺伝子名の検索ボックスとしても使用できる
4	ゲノム領域の長さ	IGVビューアに表示されているゲノム領域の長さ（塩基対）
5	Equalize scale	複数のトラックをY軸スケールで正規化
6	Add track sample	比較解析のために、ビューアにデータトラックを追加することができる
7	Cursor guide	マウスカーソルと一緒に移動する垂直線を追加。特定の位置を確認することができる
8	Centre line	ビューアの中央に固定の垂直線を追加
9	Track labels	トラックラベルの表示を切り替え
10	Save SVG	論文やプレゼンテーションで使用するために、現在のビューアをSVG形式でエクスポート
11	拡大・縮小ボタン	拡大・縮小をコントロール
12	ズームスライダー	ゲノム領域のズームインとズームアウト
13	ゲノム座標	選択した染色体に沿ったゲノム座標を表示
14	メインビュー	各データのトラックが表示されるビューア
15	トラックラベル	データの種類を識別するためのラベル
16	カスタマイズ	トラックの高さの調整、色の変更、その他の視覚的な設定の変更が可能

ゲノムの選択や、データファイルのロードをする必要はありません。BasepairがIGV上ですべて自動で行います(#1)。

領域検索ボックスに遺伝子名またはゲノム座標を入力します。「Enter」をクリックすると(#3)、IGVがその領域に移動します。

ドロップダウンボックス(#2)をクリックすると、特定の染色体を選択できます。また、ズームイン・ズームアウトのボタン(#11)とズームスライダー(#12)を使って、領域を拡大・縮小することもできます。

各データファイルは、メインビューにトラックとして表示されます(#14)。トラックはシーケンスリードとカバレッジなどの特徴を表示することができます。

各トラックのデータタイプはトラックラベルで識別されます(#15)。「Track labels」ボタン(#9)をクリックすると、トラックラベルの表示を切り替えることができます。

トラックを追加するには、「Add track sample」ドロップダウンボックス(#6)をクリックします。また、歯車のアイコンをクリックして「Remove track」(#16)を選択すると、トラックを削除できます。

「Cursor guide」(#7)と「Center line」(#8)ボタンをクリックしてメインビューに垂直線を設定すると、表示を補助することができます。

トラック名と高さなどは、歯車のアイコン(#16)をクリックして好みに調整することができます。

「Equalize scale 」ボタン(#5)をクリックすると、複数のトラックのY軸スケールを正規化できます。そうすることで、異なるトラック間の信号強度を比較しやすくなります。

個々のトラックを右クリックして、画像をPNGまたはSVG形式で保存します。また、「Save SVG」(#10)をクリックして、メインビュー全体をSVG形式の画像として保存することもできます。