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TechBlog
Basepairでのエピジェネティクスデータのモチーフ検出とアノテーション
はじめに モチーフ検出とは、繰り返し現れる短いDNA配列を検出することです。エピジェネティクスでは、転写因子や他の制御タンパク質の結合部位を表します。 モチーフの検出はピークコーリングの後に行われます（図1）。ピークコー […] -
Bioinformatics
KEGGパスウェイ解析
BasepairのRNA-SeqのDESeq2パイプラインは、発現変動解析、Gene Ontology（GO）エンリッチメント解析、Reactomeパスウェイエンリッチメント解析と統合されています（図1）。また、必要に応 […] -
Bioinformatics
シングルセルのマーカー遺伝子の同定
背景 シングルセル解析では多くの場合、クラスタリング解析を行います。そこでは、クラスター内のマーカー遺伝子を同定することが重要です。これにより、サンプル内の各クラスターの細胞種を特定することができます。 Seuratによ […] -
Bioinformatics
Basepair上でエンリッチメント解析 (GSEA/Gene set enrichment analysis)
エンリッチメント解析（GSEA）はRNA-Seqの際によく行われます。とはいえ、Rなどプログラミングを使用して実行するのは高いハードルがあります。また実行時間を要します。Basepairでは数回クリックするだけでGSEA […] -
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BasepairでのGEOデータのインポート
はじめに 多くの研究者がGEO（Gene Expression Omnibus）からインポートされたデータを用いて、様々な解析や検討を行っています。しかしながら、関連するメタデータなどを抽出し処理することは、手間のかかる […] -
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バイオインフォマティクスのコスパとタイパ
Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […] -
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Basepairのシェア機能を使えばfastqの受け渡しも簡単
Basepairには便利なシェアの機能があります。この機能を使えば、共同研究先にサンプルデータをBasepairにアップロードしてもらうことができます。 シーケンスは共同研究先でやってもらっている データが大きすぎて、カ […] -
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バイオインフォマティクスの隠れた限界
問題 バイオインフォマティクスは頭打ちに達しています。 Illuminaの最新のシーケンサーや、Element Biosciences、Complete Genomicsなどの新しい機器メーカーによって世界中の研究室で生 […] -
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細胞・遺伝子治療におけるNGSの利用
はじめに 細胞治療や遺伝子治療は、様々な疾患の治療法として有望視されています。これらの革新的な治療法では、細胞や遺伝子を操作してその機能を回復または、増強します。次世代シーケンシング（Next genera […] -
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Basepairの自動化された監査証跡によるデータ実証性の達成
監査がうまくいかないとき あなたのゲノミクス・チームは、使用しているオープンソース・ツールを追跡していますか？ソフトウェアのバージョン番号や設定されているパラメータはどうなっていますか？ゲノム参照ファイル、使用ログ、バイ […]
