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バイオインフォマティクスのコスパとタイパ
Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […] -
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Basepairのシェア機能を使えばfastqの受け渡しも簡単
Basepairには便利なシェアの機能があります。この機能を使えば、共同研究先にサンプルデータをBasepairにアップロードしてもらうことができます。 シーケンスは共同研究先でやってもらっている データが大きすぎて、カ […] -
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バイオインフォマティクスの隠れた限界
問題 バイオインフォマティクスは頭打ちに達しています。 Illuminaの最新のシーケンサーや、Element Biosciences、Complete Genomicsなどの新しい機器メーカーによって世界中の研究室で生 […] -
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細胞・遺伝子治療におけるNGSの利用
はじめに 細胞治療や遺伝子治療は、様々な疾患の治療法として有望視されています。これらの革新的な治療法では、細胞や遺伝子を操作してその機能を回復または、増強します。次世代シーケンシング（Next genera […] -
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Basepairの自動化された監査証跡によるデータ実証性の達成
監査がうまくいかないとき あなたのゲノミクス・チームは、使用しているオープンソース・ツールを追跡していますか？ソフトウェアのバージョン番号や設定されているパラメータはどうなっていますか？ゲノム参照ファイル、使用ログ、バイ […] -
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NGSデータにおけるバリアントコーリングと解析の概要
はじめに 近年、次世代シーケンシング（Next generation sequencing、NGS）技術はゲノミクスの分野に革命をもたらし、研究者は生物のゲノムをかつてないスピードと精度で研究できるようになりました。しか […] -
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BasepairがBioIT Worldに登壇します
今年4月15〜17日にボストンで開催されるBio-ITWorldに、BasepairのCCO Simon Valentineが登壇します。 AWS HealthOmicsのシニアプロダクトマネージャー Domen Jem […] -
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AWS での NGS データ分析の操作: シーケンシングを初めて行うライフ サイエンス組織のための重要な考慮事項
はじめに 新しいシーケンス機器への投資おめでとうございます! あなたはゲノミクスの広大な世界に隠された秘密を解き明かす鍵を握っています。 しかし、この取り組みはデータ生成で終わるわけではありません。 そこから始 […] -
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ChIP-seqデータのパスウェイエンリッチメント解析
すでにご存知かもしれませんが、BasepairはChIP-seq解析のための非常に人気のあるツールを多数提供しており、FASTQファイルをシームレスに有意義な結果へと導きます。約1時間で、トリミング、アライメントから、ピ […] -
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GATKパイプラインで塩基品質スコア再キャリブレーション（Base quality score recalibration、BQSR）を行う必要がありますか？既知部位のvcfファイルがない場合、どのように行うべきでしょうか？
(a) 残念なことに、次世代シーケンサーによって生成される品質スコアは、様々な系統的技術的エラーの原因となり、データ中の塩基の品質スコアの過大評価または過小評価につながります。これらのエラーは、シーケンス反応の物理的また […]
