Basepairのシェア機能を使えばfastqの受け渡しも簡単

Basepairには便利なシェアの機能があります。この機能を使えば、共同研究先にサンプルデータをBasepairにアップロードしてもらうことができます。

シーケンスは共同研究先でやってもらっている

データが大きすぎて、カウントデータや発現マトリックスでしかもらっていない

…ということはありませんか？

そんなとき、Basepairのシェア機能がお役に立ちます。

Basepairは、様々な解析をfastqから一気に進めることができるので、fastqが必要になることがあります。共同研究先には必ずfastqが残っているはずです（削除していなければ）。このfastqを共同研究先にBasepairにアップロード・シェアをしてもらうことで、データにアクセスできるようになります。これで、Basepairで解析できるようになります。

シーケンス受託会社の場合は、fastqが納品されると思います。クラウドサーバー経由で納品された場合は、いったんローカルのPCにダウンロードしてからアップロードしてください。HDDの場合は、PCにHDDを接続した後、アップロードを行ってください。

Basepairでのデータアップロード・シェアの流れ

共同研究先にサンプルデータをBasepairにアップロードしてもらう

Basepairにデータをアップロードは非常に簡単です。詳しくは、「サンプルのアップロード方法」もご覧ください。

1. メニューの[UPLOAD]か[SAMPLES] → [Add Sample]
2. ファイルをドラッグ&ドロップするか、選択してアップロードするサンプルを指定する。
3. 必要に応じて、情報を追加する。（シーケンサー、データタイプ、レファレンスゲノムなど）
4. [Upload Sample]をクリック

ちなみに、ペアエンドの場合、自動的にフォワードとリバースを判定します。また、自動的にグルーピングも行います。自動判定の結果が間違いないか、ご確認ください。

共同研究先に「シェア」してもらう

詳しくは「コラボレーターとBasepairでデータシェアする方法」もご覧ください。

シェアは、各サンプルの画面の右上にある「Share」ボタンから行うことができます。

「Share」ボタンをクリックすると、ポップアップ画面が現れます。シェアしたい相手のメールアドレスを入力して、「OK」をクリックすれば完了です。

シェアする方もシェアされる方もアカウントが必要です。

アメリカと日本ではBasepairが稼働しているAWSのリージョンが異なります。データセキュリティの観点から、リージョン間でのデータの受け渡しはできません。そのため、日米どちらのリージョンで作業するか先に決めておくことをお勧めします。

その際、権限が3種類ありますので、適宜選択してください。

• View（閲覧のみ）
• Edit（編集権限）
• Admin（管理者権限）

ダウンロードもできるので、ファイルの受け渡しにも使えます。

受け取り側

シェアされた側には、メールが届きます。Basepairにログインし、ダッシュボードを確認すると、シェアされたデータが確認できるようになっています。言い換えれば、他にすることはありません。

これで、Basepairで解析できる準備が完了しました。多様な解析項目を用意していますので、ぜひご自身のサンプルでお試しください。