サンプルのアップロード方法

Basepair のアップロード システムは非常に簡単です。

Basepairにデータを追加するには、[Upload] をクリックします。 次に、ファイルを選択します。 ほとんどの場合、データ ファイルを fastq形式でアップロードする必要があります。 一般に、シングルエンド読み取りの場合は 1つのファイルがあり、ペアエンド読み取りの場合は 2つのファイルがあります。

アップロード可能なファイル形式：ab1, .bam, .csfasta, .csv, .fastq, .fq, .gpr, .gvcf, .qual, .vcf, .sam, .sra, .tsv, .txt, .bz, .bz2, .gz, .zip

Basepairは、データがシングルエンドかペアエンドかに基づいてファイルを適切にグループ化しますが、命名規則が異なる場合があるため、ファイルが正しくグループ化されていることを再確認する必要があります。

次に、適切なメタデータ設定を追加します。 データ型、ゲノム、およびスパイクインや挿入サイズなどのその他のオプションのフィールドを選択します。

• プラットフォーム: すべての主要な NGS プラットフォームをサポートしています。 迷ったらイルミナを選んでください。
• データの種類: DNA-Seq、RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq をサポートしています。 他のデータタイプがある場合は、お問い合わせください
• ゲノム: 多くのゲノムをサポートしています。 あなたのゲノム/アセンブリがサポートされていない場合は、お知らせください。喜んで追加させていただきます。
• インサートサイズ: シーケンス用に選択された DNA フラグメントのサイズ。 通常、ChIP-Seq 解析に必要です。

アップロードが開始され、ページ上に進行状況バーが直接表示されます。

アップロードを続行している間、コンピュータを実行したままにしてください。 通常、アップロードは非常に高速ですが、インターネット接続が遅い場合、または大きなファイルがある場合は、さらに時間がかかることがあります。

データがアップロードされたら、分析を開始する準備が整います。