エンリッチメント解析

「DESeq2」パイプラインによって生成された全てのアウトプットファイルは「Input/output」タブ（赤枠 1）にあります。Reactome のパスウェイエンリッチメント結果は、「pathway […]

パスウェイ解析とは  Basepairではパスウェイ解析も行うことができます。あらかじめ定義された遺伝子や遺伝子産物の位置、遺伝子同士の相互作用などの情報を含んだモデルをもとに行うため、より生物学的な議論を行う […]

パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。 Alevin ファイル名ファイルの説明extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特定された有効な細胞の […]

シングルセルRNA-seqパイプラインではfastpを用いてQCとトリミングを行います。まず、UMI-toolsを用いてバーコードとユニーク分子識別子（UMI）を抽出します。次に、STARを用いてアライメントを行います。 […]

Basepairは、fastqなど生データがあれば、NGSデータの解析ができます。一方で、自分で解析することが重要・必要なケースも少なからずあると思います。とはいえ、自分でやるべきか、判断に迷うこともあると思います。そこ […]

背景 RNA-seqやマイクロアレイデータのパスウェイエンリッチメント解析に最もよく使われるツールの一つは、Broad InstituteによるGene Set Enrichment Analysis（GSEA）ツールで […]