ChIP-Seqのコーディングなしで

ChIP-Seqをコーディングなしで

Basepair の自動 ChIP-Seq データ分析により、アライメント、リード数 (トリミングおよび重複排除数を含む)、ピークコーリング、パスウェイエンリッチメント分析、モチーフ分析、およびインタラクティブな図とプロットが可能になり、出版に近づくことができます。

6サンプルフリートライアル

Basepairではじめよう

専用マシンもインストール不要のNGSデータ解析クラウドサービス

BasepairはSaaSです。専用マシンやソフトウェアのインストールは不要です。マシンやPCのスペックを検討したり、たくさんのソフトウェア、プログラムをインストールする際に、バージョンや依存関係の確認なども必要ありません。内部プログラムは実績のあるパブリックなもので構成。論文も多数出版されています。

ご利用について

生データをアップロードしてパイプラインを選ぶだけ

サンプルデータは、FASTQなど生データをアップロードできるほか、Basespaceからの転送、GEO/NCBIからの転送、FTPへの接続にも対応しています。複数のサンプルをアップロードする場合は、APIを使ったコマンドラインでの操作（CLI）にも対応しています。多くのパイプラインはシーケンサーに関係なく解析可能です。

アップロード方法を確認

サンプルあたりの従量課金ー初期費用・解析追加料金なし

課金はサンプル数のみに依存する従量制です。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限・追加課金ありません。また、初期費用も不要です。

※ 多量のサンプルを取り扱う場合は、年間ライセンスもご用意しています。

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BasepairでChIP-Seq

ChIP-Seqは、クロマチン免疫沈降とそれに続く次世代シーケンシング (NGS) を指します。この技術は、転写因子結合部位、ヒストン修飾、オープンクロマチン領域などのDNAとタンパク質の結合を見つけるために使用されます。これらの各技術の背後にある中心的な考え方は、目的のエピトープを架橋および免疫沈降させてから、プルダウンDNAを配列決定することです。

ChIP-Seq パイプラインには、アライメント、QC、リード数、パスウェイおよびモチーフ分析、ピークのテーブルやヒートマップを含むピークコールなどの一般的なオプションが含まれています。各種プロットは、PNG、SVGで、各種テーブルはCSVでのダウンロードが可能です。その他の中間ファイルなどもダウンロード可能です。