BasepairでのSingle cell RNA-seqパイプラインのアウトプットファイル

パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。

Alevin

ファイル名	ファイルの説明
extract/out1/alevin/whitelist.txt	データから特定された有効な細胞のバーコードのリスト。これらのバーコードは、特定の品質閾値超えの個々の細胞に該当します （テキスト形式）

QC, Trim

ファイル名	ファイルの説明
qc/<SAMPLE_NAME>.trim.report.html	生リードの品質管理およびトリミング後の詳細レポート。リードの品質に関する統計情報が含まれます。例えば、塩基の品質と長さの分布などです （html形式）

Align (STAR)

ファイル名	ファイルの説明
star/<SAMPLE_NAME>.<genome>.bam	STARによって生成された圧縮BAMファイル。リファレンスゲノムにマッピングされたシーケンスデータからのアラインメントリードを含みます
star/<SAMPLE_NAME>.<genome>.bam.bai	BAMファイルのインデックスファイル。ゲノムブラウザなどのツールで、BAMファイルへの効率的なランダムアクセスを可能にします

Expr count

ファイル名	ファイルの説明
featurecounts/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts_gene.txt	featureCountsによって生成された遺伝子レベルの発現数。各遺伝子に割り当てられたリードの数を提供します （テキスト形式）
featurecounts/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts_transcript.txt	featureCountsによって生成された遺伝子レベルの発現数。遺伝子（テキスト形式）ではなく、個々の転写産物（アイソフォーム）に割り当てられたリードの数を提供します （テキスト形式）

Matrix

ファイル名	ファイルの説明
matrix/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts.tsv	データセット中のセル間で各遺伝子に割り当てられたリードの生カウントを含むマトリックスファイル。行は遺伝子、列は細胞を表します （タブ区切り形式）
matrix/<SAMPLE_NAME>.<genome>.counts_id.tsv	counts.tsv ファイルで使用される遺伝子 ID（または転写産物 ID）。遺伝子・転写産物名とカウントデータの対応付けに役立ちます

Seurat

ファイル名	ファイルの説明
seurat/features.csv	Seurat解析で同定された遺伝子のリスト （カンマ区切り形式）
seurat/jackstraw.overall.pvalues.csv	SeuratのJackStraw解析によって生成されたp値。JackStrawは、PCAのPrincipal Component(PC)の統計的有意性を決定するために使用されます。どのPCが生物学的に意味あるかを特定します （カンマ区切り形式）
seurat/metadata.csv	フィルタリング、正規化、クラスタリング後のSeuratオブジェクトの各細胞のメタデータ。細胞のタイプやクラスタリング結果などの情報が含まれます （カンマ区切り形式）
seurat/metadata-unfiltered.csv	データ処理前の各細胞のメタデータ （カンマ区切り形式）

Seurat

ファイルの名	ファイルの説明
seurat/pcdata.csv	SeuratのPCAステップから得られた各細胞のPCスコア （カンマ区切り形式）
seurat/seurat_object.rds	RDS（R Data Serialization）ファイル。処理・解析後のSeuratオブジェクト全体を保存しています。生データと正規化されたデータとメタデータが含まれています
seurat/tsne.csv	各細胞のt-SNE (t-distributed Stochastic Neighbor Embedding)座標。t-SNEは非線形次元削減法です。2D・3D空間における細胞のクラスターを可視化するために使用されます （カンマ区切り形式）
seurat/umap.csv	各細胞の UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection)座標。UMAPも細胞のクラスターを可視化する技術です （カンマ区切り形式）

TopList

ファイル名	ファイルの説明
toplist/toplist/toplist/toplist.zip	同定されたマーカー遺伝子を含むzipファイル。0.1-2.0の解像度のヒートマップも提供します

GSEA GO & Pathway Analysis

ファイル名	ファイルの説明
gsea/gsea/<SAMPLE_NAME>.GO.zip	GOエンリッチメント解析結果を含む圧縮ファイル。各分解能における各クラスターの結果が含まれます
gsea/gsea/<SAMPLE_NAME>.pathway.zip	Reactomeのエンリッチメント解析結果を含む圧縮ファイル。各分解能における各クラスターの結果が含まれます

参考文献

1. GitHub. (2024). scRNA-seq data analysis tools. Github. https://github.com/mdozmorov/scRNA-seq_notes

関連ブログ

シングルRNA-seq解析https://basepairtech.jp/analysis/single-cell-rna-seq/

エンリッチメント解析https://basepairtech.jp/blog/1973/